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2022年1月28日 · 這階段在2022年間，先後發生「 防疫旅館 、 醫院 」、 桃機 、 高雄港 等地分別發生 Omicron變異株 （BA.1及BA.2）的本土群聚感染事件，均受到「境外移入」感染者影響，進而形成本土大規模感染，導致疫情加劇。 1月1日，台灣無新增本土病例及死亡病例 [1] 。 1月2日，台灣無新增本土病例（校正後為1例）及死亡病例 [2] 。 1月3日，台灣無新增本土病例及死亡病例，並公布2021年12月29日經校正回歸新增本土確診2例（案17058、17099） [3] 。 1月4日，台灣本土確診病例單日新增4例 [4] [5] 。 1月5日，台灣本土確診病例單日新增1例。 並公布1月2日經校正回歸新增本土確診1例（案17181） [6] 。 1月6日，台灣本土確診病例單日新增3例。
5月27日，單日新增「確診」94,855例、單日新增「本土」94,808例，創「歷史最高」紀錄。 5月31日，臺灣總確診數突破200萬例。 6月1日，正式暫停「國際機場」的「落地採驗」政策，改採「唾液採驗」措施。
2021年7月8日 · 為因應衛生福利部桃園醫院醫護人員群聚感染事件，指揮中心首次在桃園醫院成立前進指揮所，由醫療應變組副組長王必勝醫師擔任指揮官，正式啟動防治作為 [5] 。 1月13日，因國際疫情仍嚴峻，全球旅遊疫情建議維持第三級，台灣人應避免所有非必要的出國旅遊 [6] 。 1月15日，加強入境者之居家檢疫措施，入境旅客除須依原規定檢附登機前3日內檢驗報告外，亦須提供檢疫居所證明（以集中檢疫或防疫旅宿為原則，若選擇居家檢疫者，則須1人1戶且經切結）。 入境檢疫措施將視疫情及執行狀況，適時滾動調整 [7] 。 1月20日，因應台灣醫院發生COVID-19疫情，即日起強化醫療院所門禁管制措施 [8] 。
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為因應衛生福利部桃園醫院醫護人員群聚感染事件，指揮中心首次在桃園醫院成立前進指揮所，由醫療應變組副組長王必勝醫師擔任指揮官，正式啟動防治作為 [5] 。 1月13日，因國際疫情仍嚴峻，全球旅遊疫情建議維持第三級，台灣人應避免所有非必要的出國旅遊 [6] 。 1月15日，加強入境者之居家檢疫措施，入境旅客除須依原規定檢附登機前3日內檢驗報告外，亦須提供檢疫居所證明（以集中檢疫或防疫旅宿為原則，若選擇居家檢疫者，則須1人1戶且經切結）。 入境檢疫措施將視疫情及執行狀況，適時滾動調整 [7] 。 1月20日，因應台灣醫院發生COVID-19疫情，即日起強化醫療院所門禁管制措施 [8] 。 1月22日，出現首例醫師（案838）和護理師（案839）確診案例 [9] 。
2020年3月13日 · 嚴重特殊傳染性肺炎疫情 [11] [註 3] 是由 嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型 （SARS-CoV-2）導致的 嚴重特殊傳染性肺炎 （COVID-19）所引發的 全球大流行 疫情 [12] 。. 該疾病 在2019年末於 中華人民共和國 湖北省 武漢市 首次爆發，隨後在2020年初迅速擴散至全球多國 ...
5月27日，台灣本土確診病例單日新增94,808例，創本土確診病史上新高，確診個案新增126例死亡。 5月28日，台灣本土確診病例單日新增80,835例，確診個案新增127例死亡。 5月29日，台灣本土確診病例單日新增76,539例，確診個案新增145例死亡。
2020年2月12日 · 4月1日，世衛組織總幹事譚德賽在疫情媒體通報會上表示對感染迅速攀升和全球蔓延深感憂慮。譚德賽表示， 在過去五周里，新增病例的數量呈近乎指數級增長趨勢，遍及幾乎每個國家、領土和地區。過去一周，死亡人數增加了一倍多。
