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為因應本次防疫旅宿員工確診事件，指揮中心將進行防疫旅宿總體檢，請地方政府於同年5月17日前完成轄內各防疫旅宿之查核作業，針對查核後須改善之防疫旅宿，將加強輔導並安排複查，以維護社區防疫安全 [49]。
2020年4月5日 · 經抗原快篩檢驗陽性的旅客，將由航空站安排搭乘防疫計乘車送至衛生單位指定防疫旅館或集中檢疫所 [258]。 2021年5月31日， 澎湖縣 與 連江縣 都宣佈即日起入境者強制快篩， 金門縣 政府也表示將跟進實施 [259] 。
2021年7月8日 · 指揮中心指出，為確保台灣防疫安全，將持續實施邊境風險嚴管，非中華民國籍人士搭機入境臺灣，或需經臺灣機場轉機者，均應出示「表定航班時間（Flight schedule time）前3日內COVID-19核酸檢驗陰性報告」後搭機來臺；入境臺灣旅客應事前安排檢疫居所
為因應本次防疫旅宿員工確診事件，指揮中心將進行防疫旅宿總體檢，請地方政府於同年5月17日前完成轄內各防疫旅宿之查核作業，針對查核後須改善之防疫旅宿，將加強輔導並安排複查，以維護社區防疫安全 [49]。
1月16日，疾管署宣布提升中國湖北省武漢市的旅遊疫情建議至第二級警示，提醒民众近期如前往武漢及鄰近區域，應該做好個人防護的措施 [23] 。 1月20日，由於中國大陸已有新型冠狀病毒明顯社區傳播及疫情擴大情形，疾管署宣布成立「嚴重特殊傳染性肺炎 中央流行疫情指揮中心 」（以下稱中央流行疫情指揮中心），由疾管署署長 周志浩 擔任指揮官 [24] 。 金門縣 是防疫的前線，距離中國大陸較近，在小三通海關使用大量的防疫儀器 [25] 。 首例確診至首起死亡.
對於臺灣桃園國際機場群聚感染、防疫旅館群聚感染、及春節即將到來，各界擔憂本土疫情再次出現 [2]，多個縣市都加嚴防疫措施以防堵群聚感染蔓延 [59]。
對檢疫的要求是2個標準作業程式（SOP）：抵台前，核實名單、確認檢疫場所、班機調查及簽證核發等；抵台後，通過機場邊境管制、單一報到櫃檯，以防疫交通接送，安排到檢疫場所隔離14天，且優先入住防疫旅館。. [49] 陳時中表示，此次境外生開放不包含大陸 ...
