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2021年7月8日 · 1月15日，加強入境者之居家檢疫措施，入境旅客除須依原規定檢附登機前3日內檢驗報告外，亦須提供檢疫居所證明（以集中檢疫或防疫旅宿為原則，若選擇居家檢疫者，則須1人1戶且經切結）。 入境檢疫措施將視疫情及執行狀況，適時滾動調整 [7] 。 1月20日，因應台灣醫院發生COVID-19疫情，即日起強化醫療院所門禁管制措施 [8] 。
2022年1月28日 · 這階段在2022年間，先後發生「 防疫旅館 、 醫院 」、 桃機 、 高雄港 等地分別發生 Omicron變異株 （BA.1及BA.2）的本土群聚感染事件，均受到「境外移入」感染者影響，進而形成本土大規模感染，導致疫情加劇。 1月1日，台灣無新增本土病例及死亡病例 [1] 。 1月2日，台灣無新增本土病例（校正後為1例）及死亡病例 [2] 。 1月3日，台灣無新增本土病例及死亡病例，並公布2021年12月29日經校正回歸新增本土確診2例（案17058、17099） [3] 。 1月4日，台灣本土確診病例單日新增4例 [4] [5] 。 1月5日，台灣本土確診病例單日新增1例。 並公布1月2日經校正回歸新增本土確診1例（案17181） [6] 。 1月6日，台灣本土確診病例單日新增3例。
2023年4月25日 · 中央流行疫情指揮中心今 (25)日表示，鑒於COVID-19疾病嚴重度下降，國內疫情持續穩定且處於低點，且國際間亦朝向調降防疫等級，故宣布自5月1日起，「嚴重特殊傳染性肺炎 (COVID-19)」調整為第四類傳染病。 另，考量中央各部會及地方政府於指揮中心運作期間已強化聯繫合作與應變能力，經盤點國內醫療量能及防疫物資儲備情形，綜合評估疫情發展及病毒變異株變化趨勢，行政院同意指揮中心於同日一併解編，由衛福部成立跨單位防治聯繫會報持續COVID-19整備應變工作。 指揮中心說明，5月1日防疫降階後，調整措施及工作重點如下： 一、 多元監測疫情，每週主動說明：疾管署持續以多元管道監測國內外疫情及變異株流行趨勢，於每週例行記者會向國人報告。
2023年3月9日 · 指揮中心進一步說明，「嚴重特殊傳染性肺炎」疾病通報定義調整後，其他因自行使用家用快篩檢測陽性、或因配合醫療院所相關感染管制等相關措施篩檢陽性的輕症或無症狀之輕症民眾，不需通報也不需強制隔離，亦不會收到隔離通知書及簡訊，此類對象建議進行「0+n自主健康管理」至快篩檢測結果為陰性，或距離發病日或採檢陽性日 (無症狀者適用)已達10天。 自主健康管理期間，建議有症狀時在家休息，避免不必要外出，無症狀或症狀緩解 (退燒至少1天)後可安心外出；外出時請全程佩戴口罩；同時提醒，為降低感染後引發併發症之風險，65歲以上長者、孕產婦、具慢性病或免疫不全/免疫低下病史者等具「COVID-19重症高風險因子」之民眾於快篩陽性後，請儘速就醫，以利醫師及早診治並開立口服抗病毒藥物。
專家建議，除目前已實施的登機檢疫外，醫療院所注意從武漢抵台之臨床嚴重肺炎病人及加強通報，並提醒醫護人員嚴格執行標準感染防護措施；進行插管、氣切等侵入式醫療行為時應依規定佩戴N95口罩 [16] 。 1月7日，疾管署將武汉市的旅遊疫情建議列為第一級 [17] ，同時對國際航線及 小三通 提升警戒 [18] 。 1月12日，疾管署派出 莊銀清 、 洪敏南 2名專家抵達武漢查訪 [19] ，實地交流並瞭解了防治的相關資訊，於15日返回 [20] [21] [22] 。 1月15日，疾管署公告將「嚴重特殊傳染性肺炎」列入第五類 法定傳染病 [1] 。 1月16日，疾管署宣布提升中國湖北省武漢市的旅遊疫情建議至第二級警示，提醒民众近期如前往武漢及鄰近區域，應該做好個人防護的措施 [23] 。
2022年9月29日 · 我國邊境解封第1階段將於29日週四上路，行政院院會也正式公布，第2階段邊境管制將從10月13日起實施，放寬入境旅客免隔離，改為7天自主防疫。 行政院政務委員兼發言人羅秉成說明，「10月13日起將再擴大國境開放，正式實施入境免居隔0+7，每週入境人數15萬人次，並開放非免簽證國家入境，入境觀光也取消禁團令等。 不過外界擔憂，國門打開後新冠疫情可能再起。 對此有專家表示，要回歸正常生活都需要經歷與病毒共存的陣痛期，所幸國人第3劑疫苗涵蓋率已達7成2，即使有新變種病毒入侵，未來單日確診數最多只有5萬多例。 指揮中心專家諮詢小組委員李秉穎認為，「每一天的確診數有時候增加到5萬以上，也不是不可能發生的事情，但是我們不預期說它會在最近這段時間大幅上升。
臺灣嚴重特殊傳染性肺炎(COVID 19)防疫關鍵決策網
2021年7月8日 · 中央流行疫情指揮中心今天宣布，全國第3級警戒延到7月26日，但適度鬆綁，除餐飲場所可內用，微解封場所含電影院、室內外運動場館、遊樂園及國內9人以下旅行團等。 中央社彙整各部會官方圖卡，一次掌握微解封的範圍及措施。
2022年5月2日 · 本土疫情進入大爆發階段，自4月28日起確診人數天天破萬人，行政院長蘇貞昌一日赴中央流行疫情指揮中心召開擴大防疫會議定調，「世界各國都紛紛解封，與病毒共存，台灣在籌備好量能後，也要繼續往正常生活邁進，逐漸走向新的防疫階段」，因99.7％均為無症狀與輕症，政府持續放寬防疫措施，在醫療量能能得到維持、中重症能夠受到充分照顧下，降低對民眾生活的影響...
2022年9月27日 · 全民防疫至今已2年多，隨著疫情逐漸趨緩，防疫政策與時俱進邁向解封之路，根據 《鏡週刊》 報導，指揮官王必勝指出解封的7大關鍵，分別為： 1．邊境採兩階段放寬：入境人數從6萬增加至15萬，入境居隔天數也會從現行的「3+4」變為「0+7」。 2．居家隔離規範：也就是確診者同住家人的防疫規範，可能單軌化全部改成「0+7」。...
