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2021年5月14日，依據中央流行疫情指揮中心公布的案例圖，共計確診64例個案（宜蘭遊藝場群聚9例、蘆洲 獅子會 群聚25例、萬華 茶藝館 相關23例、7例感染源尚待調查）。 隨著確診病例數不斷迅速增加且迅速擴散至各縣市，5月19日中央流行疫情指揮中心宣布台湾進入 第三級防疫警戒 。 5月26日，原訂三級警戒期限至5月28日解封，因應臺灣本土疫情日益嚴峻，為降低群聚感染風險，同日首度發布警戒時間延長至6月14日止 [7] 。 6月7日，疫情指揮中心再度發布，因應本土疫情持續嚴峻，台湾疫情警戒第三級管制延長至6月28日止 [8] 。 6月23日，疫情指揮中心三度延遲全臺疫情警戒第三級至7月12日止 [9] 。 7月8日，疫情指揮中心四度延遲全臺疫情警戒第三級至26日止。
2021年5月14日，依據中央流行疫情指揮中心公布的案例圖，共計確診64例個案（宜蘭遊藝場群聚9例、蘆洲獅子會群聚25例、萬華茶藝館相關23例、7例感染源尚待調查）。
5月9日，宜蘭縣遊藝場、新北市 蘆洲區社區、及臺北市 萬華區茶藝館都出現群聚感染 [86]，本土感染擴大 [84]，本土感染情況快速擴大。 5月15日，宣布臺北市、新北市進入第三級警戒 [95] [96]，並宣布暫停自費接種「COVID-19疫苗」，原已預約者仍可接種 [97]
2021年7月8日 · 為因應衛生福利部桃園醫院醫護人員群聚感染事件，指揮中心首次在桃園醫院成立前進指揮所，由醫療應變組副組長王必勝醫師擔任指揮官，正式啟動防治作為 [5] 。 1月13日，因國際疫情仍嚴峻，全球旅遊疫情建議維持第三級，台灣人應避免所有非必要的出國旅遊 [6] 。 1月15日，加強入境者之居家檢疫措施，入境旅客除須依原規定檢附登機前3日內檢驗報告外，亦須提供檢疫居所證明（以集中檢疫或防疫旅宿為原則，若選擇居家檢疫者，則須1人1戶且經切結）。 入境檢疫措施將視疫情及執行狀況，適時滾動調整 [7] 。 1月20日，因應台灣醫院發生COVID-19疫情，即日起強化醫療院所門禁管制措施 [8] 。
2020年2月26日 · 20,793,089 [1] (完整接種人數) 68,158,988 [1] (已接種劑數) 政府網站. 衛生福利部疾病管制署. 醫學聲明. 嚴重特殊傳染性肺炎臺灣疫情 是指在 中華民國 發生的 嚴重特殊傳染性肺炎 （COVID-19） 疫情 。. 自2020年1月21日至2023年3月20日止，臺灣 累計確診病例 ...
2021年5月13日，發現後續的蘆洲、萬華、宜蘭群聚案病毒基因定序與華航諾富特群聚事件相同，都是SARS-CoV-2的變種 B.1.1.7譜系 [15] [16]。中央疫情中心研判各群聚案間可能相關，但尚無找出其中連結接觸者 [17] [18]。
原本只針對武漢人士的邊境檢疫擴大到所有中國大陸入境者，並拒絕居住於湖北省武漢市的居民登機入境，入境旅客必須詳實填寫行蹤記錄與健康狀況聲明書 [33] ；隔日中央流行疫情中心宣布，為確保當地的口罩供應充足，自1月24日起管制N95口罩及外科口罩出口一個月 [34] [35] ，並要求25日凌晨零點開始到該月底，全面暫停旅行團前往中國大陸旅遊 [36] 。 蘇貞昌院長指示衛福部持續落實邊境檢疫應變措施，加強入境旅客發燒篩檢，強化相關防疫措施 [37] 。 1月24日，因應新增兩例確診新冠肺炎，旅遊警示再次提升，預備至中國大陸旅遊之旅遊團，全面停止出團。 原居住地在武漢的入境限制改擴大為湖北省地區（因當地部分地區已陸續封城）不准登機或入境 [38] 。
