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疾管署修訂新型A型流感通報定義，新增「符合急性呼吸道感染或急性結膜炎，且有禽流感A(H5N1)動物疫情接觸史」條件，並自本(113)年6月15日起實施(疾病管制署致醫界通函第539號)
（一）2020年1月20日報請行政院核准成立「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」並以三級開設。 （二） 2020年1月23日由行政院蘇院長貞昌宣布提升為二級開設。
2023年4月25日 · 中央流行疫情指揮中心今 (25)日表示，鑒於COVID-19疾病嚴重度下降，國內疫情持續穩定且處於低點，且國際間亦朝向調降防疫等級，故宣布自5月1日起，「嚴重特殊傳染性肺炎 (COVID-19)」調整為第四類傳染病。. 另，考量中央各部會及地方政府於指揮中心運作期間已 ...
2020年1月5日 · 國際間COVID-19病毒變異株疫情持續，且國內疫情處上升階段，指揮中心呼籲，尚未接種Moderna雙價BA.4/5次世代疫苗者前往接種，提升免疫保護力 2022/12/29 2023年1月1日起，不具健保身分之非本國籍人士在臺期間確診COVID-19，需自付確診隔離治療費用
- 多元監測疫情，每週主動說明：疾管署持續以多元管道監測國內外疫情及變異株流行趨勢，於每週例行記者會向國人報告。
- 公費疫苗持續，規劃年度接種：訂閱遠見電子報，掌握國內外大事。持續儲備及提供各年齡層公費COVID-19疫苗接種；隨時參考最新實證及各國接種建議，提報ACIP專家會議討論後續接種計畫。
- 投藥照護延續，保護脆弱族群：持續提供符合條件之染疫民眾公費抗病毒藥物及清冠一號；染疫康復者門住診整合醫療計畫持續辦理；專責病房解除開設；維持陪探病管制納入常規管理；醫療院所及照護機構持續落實必要之感染管制措施，以保護脆弱族群。
- 整備醫療物資，快速應變動員：為因應疫情快速變化，必要時將動員重啟專責病房及集中檢疫所（以國軍營區為主）之收治量能，即時調度醫療資源。目前醫用口罩、家用快篩試劑、抗病毒藥等防疫物資庫存量充足，若自由市場產生恐慌性搶購等供需失衡情形，將啟動實名制販售；相關防疫物資將定期檢視儲備量及品質，確保國內生產量能及建立國外專案進口機制，必要時可快速釋出防疫物資供醫療端及民眾使用，保障民眾健康。
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11月7日起,自主防疫在哪裡完成?
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嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心（簡稱疫情指揮中心，英語： Central Epidemic Command Center，縮寫CECC ）是中華民國（臺灣）因應嚴重特殊傳染性肺炎（Covid-19）疫情而於2020年1月20日至2023年5月1日開設的中央疫情指揮中心。
2005年，行政院衛生署疾病管制局成立「國家衛生指揮中心」（NHCC）後，即結合中央流行疫情指揮中心、生物病原災害中央災害應變中心、反生物恐怖攻擊指揮中心及中央緊急醫療災難應變中心等功能，共同架構完整的防災啟動機制。
