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5月15日，交通部召開第七次防疫會議，研商第三階段的交通觀光防疫措施鬆綁推動方案（草案），其中有關兩岸客運航點、海運直航及小三通客船航班等，規劃於10月1日全面恢復 [191]。
5月15日，交通部召開第七次防疫會議，研商第三階段的交通觀光防疫措施鬆綁推動方案（草案），其中有關兩岸客運航點、海運直航及小三通客船航班等，規劃於10月1日全面恢復 [191]。
2021年7月8日 · 指揮中心指出，為確保台灣防疫安全，將持續實施邊境風險嚴管，非中華民國籍人士搭機入境臺灣，或需經臺灣機場轉機者，均應出示「表定航班時間（Flight schedule time）前3日內COVID-19核酸檢驗陰性報告」後搭機來臺；入境臺灣旅客應事前安排檢疫居所
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2021年1月21日，中央疫情指揮中心針對境外移入後之本土疫情訂定公告《疫情警戒標準及因應事項》，將疫情警戒狀態分為分為第一、二、三、四級，數字愈高管制措施愈嚴格 [15]。 5月，由於爆發 萬華茶藝館衍生感染事件 以致陸續提升疫情警戒（已知相關案例之發病日至遲可溯及4月23日 [16][17]）。 5月11日，出現7例本土染疫個案，中央疫情指揮中心宣布將疫情警戒由第一級「出現境外移入導致之零星社區感染病例」立即提升至第二級「出現感染源不明之本土病例」，並實施相關限制措施 [18]。 5月15日，新增180例本土個案（主要集中在臺北市萬華區 [19]），指揮中心宣布臺北市、新北市提升疫情警戒至第三級。 5月19日，由於社區傳播及本土病例人數持續擴大，指揮中心宣布全國提升疫情警戒至第三級。
指揮中心指出，為確保台灣防疫安全，將持續實施邊境風險嚴管，非中華民國籍人士搭機入境臺灣，或需經臺灣機場轉機者，均應出示「表定航班時間（Flight schedule time）前3日內COVID-19核酸檢驗陰性報告」後搭機來臺；入境臺灣旅客應事前安排檢疫居所
臺灣決定對全球流行性傳染病採取積極 防治作為 （英语：Pandemic predictions and preparations prior to the COVID-19 pandemic），推動《傳染病防治法》修正，並配修正或新定施行細則及其他法規命令 [5]。 其中新設中央指揮體系的「國家衛生指揮中心」、及透過法制程序授權成立下屬的「中央流行疫情指揮中心」，統整資源、設備、人力來讓防疫決策一致化 [6]。 疾病管制局提高位階改制為 疾病管制署，增聘專業技術人員、教育人員、醫事人員，並與部會間有密切的協作機制 [7]。 臺灣還增加 傳染病防疫醫師 的制度與訓練、儲備 口罩 與 防護服 等防疫物資，並積極投資新興傳染病科技的研發 [8]。
2022年1月28日 · 這階段在2022年間，先後發生「防疫旅館 、 醫院」、 桃機 、 高雄港 等地分別發生 Omicron變異株 （BA.1及BA.2）的本土群聚感染事件，均受到「境外移入」感染者影響，進而形成本土大規模感染，導致疫情加劇。. 1月1日，台灣無新增本土病例及死亡病例 [1]。. 1月2 ...
