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目前中國等國家使用的禽流感疫苗是死毒疫苗，連一洋說，死毒疫苗存在病毒全組基因，為病毒基因重組變異提供很大的機會，但目前動物疫苗的製作技術已提升很多，動物用載體疫苗已相當商業化，例如，雞隻有一種傳染性華氏囊炎（IBD），其疫苗就是載體疫苗，以馬立克病的疱疹病毒當載體，把可使雞隻產生保護性免疫反應的抗原帶入，即可使雞隻獲得對抗IBD的保護力，這支疫苗已商業化生產，廣泛用於養雞場。 連一洋表示，如果要打禽流感疫苗，現有的死毒疫苗造成病毒基因重組的風險較高，確實有疑慮，且效果似乎有限，因為中國、越南等有打疫苗的國家，還是照樣有禽流感疫情，目前，禽流感的載體疫苗尚未商業化上市，但載體疫苗在動物用疫苗市場已是成熟的技術及商品，研發禽流感的載體疫苗不是難事。
原來光是製造流感疫苗，全球就有上千萬顆的胚胎蛋市場。 這些胚胎蛋必須由無菌科技農場中飼養的雞隻孵化，門檻高、售價也水漲船高。 臺灣生醫業者國光生技近年來逐步拉高在地採購比例，而保富潔淨農場就是去年剛加入的胚胎蛋供應商。
巴斯德在實驗室裡製造實驗疾病後，他立即尋找方法削弱微生物來製造動物用疫苗，並在法國所有畜牧界推廣。 巴斯德的第一件作品是家禽霍亂（fowl cholera）疫苗。 他發現雞隻接觸弱化的細菌後，會對疾病有抵抗性。 隨後於1885年，開發狂犬病（rabies）疫苗，並於1887年創立了巴斯德研究所（Institut Pasteur），成功從動物醫學過渡到人類醫學領域。 不僅衛生學家對巴斯德深信不疑，「巴斯德」一詞在法國人的文化中，已代表現代安全社會的象徵。 而臺灣動物用疫苗研究起因於早期牛瘟疫情，當時牛隻死亡慘重，有關單位於1904年在屏東各地實施牛瘟血清注射試驗，成果頗佳。 1905年於阿猴廳（今為屏東）設立牛瘟血清作業所，是臺灣動物用生物藥品研發、製造機構的開始。
中興大學名譽教授謝快樂指出，禽流感強病毒株每年有變化，不是進口疫苗就可適用國內疫情，且禽流感疫苗只能用死毒疫苗，製作疫苗有效性劑量要達10的8次方，強毒株培養困難，製造疫苗難度高；使用疫苗或許可維持蛋雞生產，具有經濟效益，但蛋雞會排
立委蘇巧慧質詢，農業部以中國施打禽流感疫苗為由，拒絕中國雞蛋進口，容易造成民眾會認為有打疫苗才是做得好的誤會，但國際標準是不以疫苗防治禽流感，中國不照著國際標準防治禽流感，故從來不是國際認可的非疫牧場區，因此臺灣從未自中國進口雞蛋。
其中，全球雞肉最大出口國巴西，至今從未有過家禽感染禽流感的案例，關鍵在於政府和企業從上到下都嚴格要求生物安全，除了基本的硬體建設，落實建立隔離帶，人員動線管理、消毒，以及政府未雨綢繆的野鳥監測計畫，都是巴西能維持完美非疫區紀錄的 ...
禽流感疫情在臺灣已持續多年，農方政策是不施打疫苗，同時撲殺受感染的家禽，且一直以來臺灣的禽流感都是H5N2亞型病毒的天下，長期監測國內禽場雞鴨鵝血液中抗體種類的防檢局，一直到去年底，才在部分監測點的家禽血液中，陸續發現H5N5抗體，至於抗體是怎麼來的？ 是偷打疫苗？ 還是偷打免疫血清？ 防檢局也還在了解中。 海巡署指出，這次查獲10桶5公升，以及容量250至2000毫升不等的29瓶非法禽流感疫苗，是否與H5N5抗體來源疑雲有關，防檢局坦言現在還沒看過那些被查扣的物品，需要進一步確認。 防檢局統計，108年禽流感疫情以H5N2及H5N5亞型為主，總共有84個禽場發生；今年至6月2日止，疫情仍以H5N2及H5N5亞型為主，有38個禽場發生，主要感染陸禽（雞）。
