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2020年4月10日 · 台灣1月20日成立中央流行疫情指揮中心、1月21日出現首例病例，這支新型冠狀病毒侵台83天，至今（4月11日） 已有385例確診、6人不幸死亡 。 不只台灣，全球疫情都迅速進入大噴發期。 台灣的病例也從一開始境外移入個案以中國、港澳為主，轉變到近期主要來自歐美返台留學生、旅遊團，確診症狀、臨床表現都有所不同。 因應疫情變化，中央流行疫情指揮中心政策不斷更新，有些甚至翻轉了前期防疫措施，例如，到底口罩能不能用電鍋乾蒸後重複使用？ 除了咳嗽、流鼻水，還有哪些症狀需注意？ 《報導者》整理出3大類、共6項指揮中心政策改變及說明，並由專家學者一一解析，釐清政策轉變前後的考量和疑慮。 一、社區感染威脅增，防疫政策翻轉. 4月4日，指揮中心宣布搭乘大眾運輸工具應全面戴口罩。 （攝影／楊子磊）
2023年1月17日 · 中央流行疫情指揮中心發言人、疾病管制署副署長莊人祥表示，重複感染者中約有十分之一，即1萬多人從來沒有接種過疫苗，這類民眾若為高風險族群，重複感染的重症風險依舊很高。 相較歐美等多數國家，在2020年疫情初就面臨大量感染，台灣撐到了2022年才出現疫情高峰，且在一年內就有900萬人次感染。 目前台灣的感染率為39.2%，計算英國約為35.9%、美國30.4%、日本25%，以及韓國57.7%。
2021年9月14日 · 2021年9月3日中央流行疫情指揮中心 宣布 兩名完整接種AZ疫苗的長榮機師遭「突破性感染」，其中一名機師在桃園就讀高中的兒子也確診，之後基因定序出爐，確定這兩位機師都是感染COVID-19 Delta變異株；指揮中心同時宣布原訂針對國籍航空機組員返台檢疫措施加嚴，長程航班的完整接種者從入境PCR＋7天加強版自主健康管理提升至「5天居家檢疫＋9天加強版自主健康管理」。 近一年來，機組人員感染事件每每成為社區防疫的壓力源，更常成為防疫破口的眾矢之的，但他們有時也是航空公司營運至上及檢疫偷開小門下的代罪者。 被遺漏的防疫「小門」怎麼來的？ 桃園機場設置的PCR篩檢站。 （攝影／楊子磊）
對此，陳時中解釋，公布醫院的原則是指揮中心對該地疫情的掌握度。「指揮中心已經掌握了（平鎮某醫院）的相關接觸者，只要可以掌握，就不會公布，」其他如老街、觀光地等確診者足跡，公布的主要原因，則是提醒去過該地的一般民眾隨時注意身體狀況。
2021年6月16日 · 5月22日，疫情指揮中心首度因通報程序「塞車」，自此每日疫情補登數百例的「 校正回歸 」展開，一路校正到6月7日、補登2,907例。 為解決病例通報塞車問題，指揮中心除簡化報告登打項目、鼓勵實驗室添購高通量PCR（核酸檢測）設備擴增量能，也默默在疫情非熱區中將快篩列確診工具，快篩陰性即可結案，讓PCR實驗室「降載」。 然而，5月29日指揮中心公布的PCR篩檢量能全開每日可達5萬多件，但在雙北疫情最嚴峻時，送檢也僅2萬多件，檢驗量理論上並未不足，為何仍「校正」了足足17天之久？
2022年1月27日 · 中央流行疫情指揮中心宣布， 長程班機落地即採檢 ，結果陽性率曾高達9.28%。 在境外、內的雙重夾擊之下，就要迎接過年連假，這是一年當中家人們團聚、四處走春，南北人口流動、大量群聚的關鍵時刻，我們要怎麼做，才能確保自己與家人安全、避免年長者與高風險者染疫呢？ Q1：未來疫情可能發展？ A：「小群聚擴散」、「本土多點爆發」，年後將是本土疫情的關鍵時刻。 春節年關將近，高雄市1月21日再新增10人確診染疫，其中包含與高雄港新光輪相關者7例，市府在高雄港34號碼頭設置快篩站，醫護團隊進駐進行PCR擴大篩檢作業。 （攝影／中央社／董俊志） 目前每天除了雙位數的境外移入確診個案之外，長庚大學副校長、台灣流行病學醫學會理事長許光宏分析，本土個案恐將處於「小群聚擴散」、「多點爆發」的狀態。
過去一年多來，全台灣防疫焦點都集中在中央流行疫情指揮中心身上，由指揮中心從上到下發出指令，基層衛生局、衛生所被動配合防疫中心指示，基層民眾則主要以勤洗手、戴口罩及保持社交距離來被動配合指揮中心之令。
