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嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心（簡稱疫情指揮中心，英語： Central Epidemic Command Center，縮寫CECC ）是中華民國（臺灣）因應嚴重特殊傳染性肺炎（Covid-19）疫情而於2020年1月20日至2023年5月1日開設的中央疫情指揮中心。
2005年，行政院衛生署疾病管制局成立「國家衛生指揮中心」（NHCC）後，即結合中央流行疫情指揮中心、生物病原災害中央災害應變中心、反生物恐怖攻擊指揮中心及中央緊急醫療災難應變中心等功能，共同架構完整的防災啟動機制。
2005年，行政院衛生署疾病管制局成立「國家衛生指揮中心」（NHCC）後，即結合中央流行疫情指揮中心、生物病原災害中央災害應變中心、反生物恐怖攻擊指揮中心及中央緊急醫療災難應變中心等功能，共同架構完整的防災啟動機制。
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2020年2月26日 · 為了讓民眾信賴政府並願意配合防疫措施，中央流行疫情指揮中心的團隊成員連續每天下午2時直播舉行疫情記者會，早期階段還曾一天召開三次 [240]。 其中疫情記者會由陳時中親自說明，時長大約一個小時，並有手語翻譯員即時提供手語服務 [241] [242] 。
中央流行疫情指揮中心 說法. 2020年1月15日，中央流行疫情指揮中心宣布此次疾病官方名稱為「 严重特殊传染性肺炎 」。 2月12日，中央流行疫情指揮中心表示由於「严重特殊传染性肺炎」或「COVID-19」名稱不好記，為了方便溝通，即日起所發布情相關資訊，將COVID-19簡稱為「武漢肺炎」。 [1] [2] [3] 台灣 方面說法. 2020年1月30日， 明居正 教授見到中共官方改名“武漢肺炎”為“新冠肺炎”，即預測到中共不只會模糊化武漢疫情源頭，推卸責任後，更會開始指控源頭來自國外 [4] 。 3月4日， 中央研究院民族學研究所 研究員 劉紹華 表示，「武漢肺炎」一詞已經出現了負面的隱喻與汙名效果。
2020年4月5日 · 2021年6月3日，陳時中在疫情指揮中心記者會上表示20~39歲的年輕人「防疫鬆懈」，確診比例升高至25.2%，引發台灣網友的不滿，批評陳時中「乾脆宣布叫年輕人不要上班不是比較好」、「可憐，沒紓困只能上班還要被嘴」 [162]。
3月8日，中央流行疫情指揮中心宣布9日起，調整與會者間適當距離及場地通風，會前提供乾洗手，媒體及工作人員皆須簽到、採固定座位，會後將進行場地及相關用具消毒，並避免以堵麥方式進行採訪 [122]。
