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2020年1月20日，因應國際已有多起 嚴重特殊傳染性肺炎 案例， 國家衛生指揮中心 （法語：Centre de commandement national de la santé） （NHCC）不敢輕忽疫情，針對新疾病三級開設「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」，由 疾管署 署長 周志浩 擔任指揮官一職 ...
2022年6月中，指揮官陳時中、社區防疫組組長薛瑞元、醫療應變組組長王必勝與發言人莊人祥陸續確診嚴重特殊傳染性肺炎。 2022年7月16日，由新任衛福部政務次長 王必勝 接替前衛福部部長陳時中擔任疫情中心指揮官一職。
2020年2月26日 · 臺灣決定對全球流行性傳染病採取積極 防治作為 （英語：Pandemic predictions and preparations prior to the COVID-19 pandemic），推動《傳染病防治法》修正，並配修正或新定施行細則及其他法規命令 [5]。 其中新設中央指揮體系的「國家衛生指揮中心」、及透過法制程序授權成立下屬的「中央流行疫情指揮中心」，統整資源、裝置、人力來讓防疫決策一致化 [6]。 疾病管制局提高位階改制為 疾病管制署，增聘專業技術人員、教育人員、醫事人員，並與部會間有密切的協作機制 [7]。 臺灣還增加 傳染病防疫醫師 的制度與訓練、儲備 口罩 與 防護服 等防疫物資，並積極投資新興傳染病科技的研發 [8]。
防疫應變所需之新聞發布、教育宣導、傳播媒體優先使用、入出國（境）管制、居家檢疫、國際組織聯繫與合作、機場與港口管制、運輸工具徵用、公共環境清消、勞動安全衛生、人畜共通傳染病防治及其他流行疫情防治必要措施。
2021年7月8日 · 指揮中心指出，為確保台灣防疫安全，將持續實施邊境風險嚴管，非中華民國籍人士搭機入境臺灣，或需經臺灣機場轉機者，均應出示「表定航班時間（Flight schedule time）前3日內COVID-19核酸檢驗陰性報告」後搭機來臺；入境臺灣旅客應事前安排檢疫居所
9月5日，「衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組」（ACIP）召開專家會議，正式宣布「莫德納次世代雙價疫苗」將於2022年9月底進口的「雙價疫苗」，建議分兩階段開放提供作為「追加劑」接種使用：第一階段（65歲以上長者、長照機構住民、18歲以上免疫不全
2022年1月28日 · 這階段在2022年間，先後發生「防疫旅館 、 醫院」、 桃機 、 高雄港 等地分別發生 Omicron變異株 （BA.1及BA.2）的本土群聚感染事件，均受到「境外移入」感染者影響，進而形成本土大規模感染，導致疫情加劇。. 1月1日，台灣無新增本土病例及死亡病例 [1]。. 1月2 ...
