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2021年7月8日 · 5月19日，台灣本土確診病例單日新增267例（校正後為527例） [71]，從5月11日宜蘭羅東爆發遊藝場群聚感染事件後，僅9天的時間，全台COVID-19本土確診暴增1,200餘例 [72]，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中在記者會宣布，全台進入三級疫情警戒 [73]。
嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心（簡稱疫情指揮中心，英語： Central Epidemic Command Center，縮寫CECC ）是中華民國（臺灣）因應嚴重特殊傳染性肺炎（Covid-19）疫情而於2020年1月20日至2023年5月1日開設的中央疫情指揮中心。
1月22日，總統 蔡英文 召開國安高層會議，聽取政府相關部門最新防疫工作簡報，並就疫情資訊掌握、國際共同防疫、錯假訊息因應以及政府後續因應作為等，做出相關裁示 [30] ，為農曆新年期間的防疫工作做安排。 會後發表了總統敞廳談話 [31] 。 總統 蔡英文. 行政院院長 蘇貞昌. 時任總統府秘書長 陳菊. 1月23日，中央流行疫情指揮中心宣布將中心由三級提升至二級，由 衛生福利部 部長 陳時中 擔任指揮官 [32] 。
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2020年2月26日 · 嚴重特殊傳染性肺炎臺灣疫情 是指在 中華民國 發生的 嚴重特殊傳染性肺炎 （COVID-19） 疫情 。 自2020年1月21日至2023年3月20日止，臺灣 累計確診病例 10,236,886例 （10,178,478例本土案例、58,354例境外移入案例、36例敦睦艦隊、3例航空器感染、1例不明及14例調查中），確診率為44.15%，累計 死亡病例18,803例 （18,779例本土案例、24例境外移入案例），致死率 0.18%，另確診個案中12,190例移除為空號。 自2023年3月20日至2023年5月27日止，臺灣 累計併發症病例 8,454例 （25例境外移入案例、其餘為本土病例）。 病例分布以新北市最多1,563例，其次為臺北市957例。 連江縣無併發症病例。
1月22日，總統 蔡英文 召開國安高層會議，聽取政府相關部門最新防疫工作簡報，並就疫情資訊掌握、國際共同防疫、錯假訊息因應以及政府後續因應作為等，做出相關裁示 [30] ，為農曆新年期間的防疫工作做安排。 會後發表了總統敞廳談話 [31] 。 總統 蔡英文. 行政院院長 蘇貞昌. 時任總統府秘書長 陳菊. 1月23日，中央流行疫情指揮中心宣布將中心由三級提升至二級，由 衛生福利部 部長 陳時中 擔任指揮官 [32] 。
國家衛生指揮中心中央流行疫情指揮中心 （英語： Central Epidemic Command Center, Nation Health Command Center ，縮寫 CECC ，簡稱 中央疫情指揮中心 ）為 中華民國 國家衛生指揮中心 （NHCC）在因應 傳染病 大流行 而設置之 中央 層級的任務編組單位。 與生物病原災害中央災害應變中心、反生物恐怖攻擊指揮中心及中央緊急醫療災難應變中心等4個任務編組相互結合，同屬國家衛生指揮中心的一環，依疫情及災變需求而開設相對應的指揮應變中心。
2020年4月5日 · 2021年6月1日，陳時中在疫情記者會中表示，正在規劃開放自費接種民衆自選廠牌，並稱雖然有規劃讓自費接種的民眾選擇廠牌，但可能會因疫苗供應量不同等問題導致延遲施打，因此就各國經驗來看，及早施打是比較好的選擇 [173]。
