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2020年1月21日 · 因應大陸武漢肺炎疫情，指揮中心持續加強疫情監測與邊境管制措施，並針對國際及小三通港埠之入境發燒旅客全面詢問武漢旅遊史及進行健康評估。 自2019年12月31日啟動由武漢直航入境班機之登機檢疫，已執行36航班，共檢疫4,308名旅客及機組員。
2020年2月25日 · 中央流行疫情指揮中心於昨(24)日公布國內新增2例COVID-19(武漢肺炎)病例，為23日公布確診案27之小兒子(案29，40多歲)及妻子(案30，70多歲)，接為家庭接觸。
- 邊境檢疫：所有入境及轉機旅客登機前須附3日內COVID-19核酸檢驗陰性報告。國際疫情持續嚴峻，預期今年底及明年初入境旅客數將增加，為加強防疫安全，自12月1日至明(2021)年2月28日(啟程地時間)，入境我國機場或經我國機場轉機的旅客，不論身分(本國籍與外國籍人士等)或來臺目的(求學、工作、外交公務等)，均應檢附「表訂登機時間前3日(工作日)內COVID-19核酸檢驗陰性報告」，始可登機來臺，並將由交通部督導各航空公司確實把關；若旅客抵臺後發現檢驗報告不實，或拒絕、規避、妨礙相關檢疫措施，得依傳染病防治法第58條及69條規定，處新臺幣1萬至15萬元罰鍰。
- 社區防疫：出入八大類場所應佩戴口罩，經勸導不聽者依法開罰。考量秋冬時期除了COVID-19疫情外，也有多種呼吸道傳染病盛行，都會加重醫療體系的負荷與調度壓力，為了提高民眾於高感染傳播風險場所佩戴口罩的遵循度，以降低呼吸道傳染病的感染與傳播，及避免過度耗用醫療資源，自12月1日起，強制要求民眾進入「醫療照護、大眾運輸、生活消費、教育學習、觀展觀賽、休閒娛樂、宗教祭祀、洽公」等八大類場所(場所舉例如附表)應佩戴口罩。
- 醫療應變：加強通報採檢，訂定獎勵指標。指揮中心表示，為防範國內醫療體系於秋冬季面臨武漢肺炎及流感疫情之雙重負擔，秋冬專案中已將加強通報採檢列為重要防疫策略，並研擬四大措施，包括醫療院所落實法定傳染病通報義務；訂定「加強門診與急診社區感染肺炎病人篩檢」、「加強住院病人篩檢」及「強化醫療照護人員健康監測」等獎勵通報採檢指標；透過健保系統提醒加強通報採檢；修訂無COVID-19相關症狀居家隔離/檢疫者之採檢及相關處理流程。
2020年8月22日 · 中央流行疫情指揮中心22日公布國內新增1例境外移入COVID-19(武漢肺炎)病例，為20多歲本國籍女性(案487)，今(2020)年1月下旬至墨西哥工作，8月19日返國。 口罩補領作業也提出說明與辦法。
2020年2月2日 · 武漢肺炎疫情延燒，為控制疫情，教育部已宣布高中（含）以下延後兩週開學，部分大學也有延後開學的消息傳出。 中央流行疫情指揮中心表示，因應中國大陸新型冠狀病毒肺炎疫情嚴峻，且目前病毒傳播途徑及特性尚未明朗，針對該疫情仍有許多未知狀況，雖然國內目前尚無社區感染風險，考量校園學生密集，容易發生呼吸道傳染病群聚，一旦有境外移入個案於校園內發生，在疫情防控上較不易。 為了學生健康，並將傳播風險降到最低，指揮中心決定全國高中職 (含)以下學校，延後2週開學，此為積極預防校園群聚感染發生之預防性措施。 延後兩週開學，變成2月25日開學，會造成接下來的暑假縮短，7月15日才放假，家長如有在家陪同小孩的需求，可請防疫假。
2021年1月6日 · 元月6日國內新增2例武漢肺炎確診病例，為境外移入，指揮官陳時中14時10分召開記者會說明。 今日新增2例境外移入COVID-19確定病例，分別印尼及菲律賓入境。
2020年4月2日 · 4月2日日新增共10例確診，累計339例，這10例COVID-19(武漢肺炎)病例(案330至339)，為8例境外移入及2例本土。
