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2022年1月28日 · 這階段在2022年間，先後發生「防疫旅館、醫院」、桃機、高雄港等地分別發生Omicron變異株（BA.1及BA.2）的本土群聚感染事件，均受到「境外移入」感染者影響，進而形成本土大規模感染，導致疫情加劇。
2021年7月8日 · 5月16日，台灣本土確診病例單日新增206例（校正後為284例），為因應近期台灣本土疫情升溫，為利傳染病防治工作進行，指揮中心也授權各直轄市、縣（市）政府以「指揮中心記者會確診個案資料發布原則」，發布確診個案公共場所活動史 [64]。
2021年中華民國全國疫情第三級警戒 ，簡稱 2021年全臺三級警戒 ，是 中華民國 在2021年因應 嚴重特殊傳染性肺炎疫情 的管制措施。 5月15日，中華民國 行政院 臨時召開記者會， 行政院院長 蘇貞昌 、 衛生福利部 部長兼 中央流行疫情指揮中心 指揮官 陳時中 、 內政部部長 徐國勇 、 經濟部部長 王美花 、 行政院發言人 羅秉成 共同宣布， 臺北都會區 （ 臺北市 、 新北市 ）提升疫情警戒至 第三級 至5月28日。 5月19日，中央流行疫情指揮中心宣佈，因臺灣本土疫情持續嚴峻，將第三級防疫警戒範圍擴大至全國、至5月28日 [1] [2] 。 5月25日，中央流行疫情指揮中心宣布，全國第三級警戒首次延長至6月14日 [3] 。
2021年中華民國全國疫情第三級警戒 ，簡稱 2021年全臺三級警戒 ，是 中華民國 在2021年因應 嚴重特殊傳染性肺炎疫情 的管制措施。 5月15日，中華民國 行政院 臨時召開記者會， 行政院院長 蘇貞昌 、 衛生福利部 部長兼 中央流行疫情指揮中心 指揮官 陳時中 、 內政部部長 徐國勇 、 經濟部部長 王美花 、 行政院發言人 羅秉成 共同宣布， 臺北都會區 （ 臺北市 、 新北市 ）提升疫情警戒至 第三級 至5月28日。 5月19日，中央流行疫情指揮中心宣佈，因臺灣本土疫情持續嚴峻，將第三級防疫警戒範圍擴大至全國、至5月28日 [1] [2] 。 5月25日，中央流行疫情指揮中心宣布，全國第三級警戒首次延長至6月14日 [3] 。
自2020年1月起，至2023年3月20日止，各縣市累計本土個案確診個案前五多的縣市分別為新北市（2,106,835例）、臺中市（1,252,264例）、高雄市（1,145,855例）、桃園市（1,122,273例）和臺北市（1,012,500例） [551]。
疫情在2019年末於中國 湖北省 武汉市爆發後，對臺灣的實質影響開始於2020年1月；由於臺灣與中國大陸的人員與物資往來密切，以及全球各地陸續發生疫情，政府在疫情期間依《傳染病防治法》成立應對單位——中央流行疫情指揮中心，負責統整協調指揮各政府
臺中市： 臺中捷運（綠線）： 5月13日（週四），受本土疫情影響，中捷綠線同日運量為18,948人次（較前一週同期〈25,012人次〉下滑約24.52％） [49]。14日（週五），中捷綠線同日運量為24,085人次 [50]。15日（週六），中捷 綠線同日運量為12,849人次。
