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早在2020年3月，衛福部即公告了《嚴重特殊傳染性肺炎隔離及檢疫期間防疫補償辦法》，補償因配合國家防疫政策，受檢疫或隔離期間喪失人身自由、或因請假未領薪資之經濟損失，每人每日可申請1,000元補償金。
2022年5月18日 · ，則針對執行防疫業務者也給予補償。在COVID-19的緊急狀況下，政府是再加碼給防疫人員業務補償，除防疫津貼外，2021年3月指揮中心還修訂《執行第五類傳染病防治工作致傷病或死亡補助辦法》，若醫護人員確診，將確診致傷病者補償上限自35萬提高到100
2022年5月17日 · 防疫政策快速翻牌，確診工具、隔離條件與適用對象不斷生變，法律、疫情及人民權利與義務未能同步。除了防疫險保單之亂，專家擔心法規若未修正解套，民眾和防疫人員的「防疫補償金」問題，也會引發與政府的紛爭。
2023年3月20日 · 中央流行疫情指揮中心宣布，2023年3月20日起，包含「0＋N輕症免隔離」、確診者同住家人及入境民眾自主防疫（0+7）等強制隔離全面取消。 台灣自2020年1月15日起將COVID-19列為第5類法定傳染病以後，歷經1,159天終於真正大解封。 但3年多的防疫非常手段，亦出現逾權的爭議；其中，對於2021年6月底至2022年3月初強制入境者自費（重點高風險國家入境者可公費）住防疫旅館和隔離檢疫所14天、隔離天數甚至有「入境日被計為第0天」不算數的措施，已出現第一起一審告贏政府的判例。 《報導者》專訪該起官司的原告，這名出身野百合學運世代的企業家彭天豪對我們表示，提告的初衷，來自對台灣民主法治維護的期待。
2020年10月29日 · 隨著台灣檢出第四例確診，中央流行疫情指揮中心指揮官、衛福部長陳時中立即宣布限制中國籍人士入境，包括「暫緩陸生來台14天」。 隨後，教育部發布 《因應嚴重特殊傳染性肺炎學校對陸生管理計劃工作指引》 （下稱《指引》），要求陸生返台後需接受14天的集中監測管理。 這意味著，不僅新學期的交換生計畫全數作廢，在台灣正式修讀學位的陸生也無法按時返校，而8,353名擁有台灣正式學籍的陸生 裡，大約700人留在台灣過年，剩下的7,000多人突然被禁止入境。 教育部公布的《指引》內容引發陸生的集體質疑。 幾位陸生連夜起草聯署，不到24小時便收到5,693份回覆，包含在學陸生4,641位。
2020年4月10日 · COVID-19疫情初期，指揮中心不斷強調，一般民眾只有看病、陪病、探病者需要戴口罩。 2月7日衛福部網站便發布訊息，在捷運、公車等大眾運輸工具不必戴口罩，台灣目前沒有社區感染情形，只要遵守口罩使用三時機：看病、陪病、探病的時候要戴，有呼吸道症狀者應戴口罩，有慢性病者外出建議戴口罩，就能有很好的保護網。 搭乘通氣量足夠的大眾運輸（如公車、捷運、高鐵），不用擔心不戴口罩會被感染。 不過到了4月4日，指揮中心宣布搭乘大眾運輸工具應全面戴口罩，未戴者不聽勸最高可罰1萬5,000元。 指揮中心對此解釋，台灣已經有零星社區感染個案，出現不明感染源本土案例，更重要的是歐美疫情延燒，境外移入個案增加，需保持社交距離（人與人室內1.5公尺、室外1公尺）防堵疫情，因此才會一改先前呼籲。
2023年3月21日 · 出身野百合學運世代的企業家彭天豪，針對強制入境者全數必須自費住防疫旅館和隔離檢疫所14天、隔離天數甚至被多「偷」走1天而提出行政訴訟，一審告贏疾管署。 事實上，他對政府整體防疫仍打了高分，告政府的初衷是為了讓政府更好， 讓台灣社會永遠保有自由開放、理性論辯的空間，「政府輸了（官司）也沒什麼，改就是了，」他如是說。 由20名機師提出的集體訴訟與國賠案，更是一場名譽的回復之戰。 2021年5月以降，這20名機師一共被居家檢疫1,300多天，他們提出400萬元的國家賠償中，並未將疫情第一年緊急狀態下納入計算，因為重點是要政府給個說法：獨獨針對機師提出加強版清零計畫，科學證據在哪裡？ 透過訴訟，要求決策過程應公布接受檢視。
