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第二屆校友陳繼明教授接任，開始規劃教研大樓8、9層為藥學系新家。. 因應學生訴求，學校內之校務、行政、教務或系務會議內均有學生代表列席參加，可直接知道行政及教學運作，並提出諸多建議。. 1989年學生團體則成立北醫學生自治會及學生代表會，首任 ...
2000年原臺北醫學院升格為台北醫學大學，藥學系則升格為藥學院，與醫學院、口腔醫學院、護理學院、及公共衛生暨營養學院成為本校之五大學院。
為配合政府發展生物科技及推動生技中草製藥研究之政策，本校於1992年成立生藥研究所，由顏焜熒教授擔任首任所長，開始招收碩士班學生。 1994年楊玲玲教授接任第二任所長至2000年，其後行政業務由李美賢副教授及徐鳳麟教授暫代，而於2001年由徐鳳麟教授接任第三任所長，積極規劃教學、研究及課程之整合。 本所除李美賢副教授、王靜瓊副教授、侯文琪副教授、陳彥州副教授、梁文俐助理教授之外，陸續增聘李慶國教授、李宗徽助理教授、盧重光助理教授、楊文彬助理教授、蔡祐輔助理教授等擁有藥學、化學、藥理學、海洋化學及農業化學專業背景之教師， 進行全方位研究。 至2008年已孕育14屆畢業生。
2000年原臺北醫學院升格為台北醫學大學，藥學系則升格為藥學院，與醫學院、口腔醫學院、護理學院、及公共衛生暨營養學院成為本校之五大學院。
2000年原臺北醫學院升格為台北醫學大學，藥學系則升格為藥學院，與醫學院、口腔醫學院、護理學院、及公共衛生暨營養學院成為本校之五大學院。
2000年原臺北醫學院升格為台北醫學大學，藥學系則升格為藥學院，與醫學院、口腔醫學院、護理學院、及公共衛生暨營養學院成為本校之五大學院。
2000年原臺北醫學院升格為台北醫學大學，藥學系則升格為藥學院，與醫學院、口腔醫學院、護理學院、及公共衛生暨營養學院成為本校之五大學院。
