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水產養殖常用的三大類益生菌. 一、光合細菌群. 光合細菌（又稱光合菌，phototrophic bacteria）多為厭氧或兼性厭氧菌，可行光合作用固定二氧化碳。 光合菌對於提升廢水中的生化需氧量（biochemical oxygen demand, BOD）、化學需氧量（chemical oxygen demand, COD）與去除有毒物質的效果顯著，已被廣泛應用於食品、化工產業工廠廢水及垃圾廢水的處理上。 由於光合菌可以去除養殖池底泥中的硫化氫與氨氮化合物，已被廣泛應用在改善養殖池的環境，降低病害的發生與提高產量，所以也成為重要的水產養殖用有益微生物。
全世界研究開發可以用來保護植物健康的益生菌有許多種類，主要有枯草桿菌（ Bacillus subtilis ）、蕈狀芽孢桿菌（ Bacillus mycoides ）、地衣芽孢桿菌（ Bacillus licheniformis ）、液化澱粉芽孢桿菌（ Bacillus amyloliquefaciens ）、螢光假單胞菌（ Pseudomonas fluorescens ）、乳酸菌（lactic acid bacteria）、鏈黴菌（ Streptomyces spp.）、木黴菌（ Trichoderma spp.）、粘帚黴菌（ Gliocladium spp.）及囊叢枝菌根菌（ Glomus spp.）等。
益生菌優點多，取代抗生素是趨勢 食品安全與環境友善日益受到重視，以益生菌取代抗生素為未來趨勢之一。益健飼料可改善魚蝦腸道菌相，降低病原菌比例，促進腸絨毛生長與營養成分的吸收。
農委會水產試驗所開發乳化技術，可將益生菌包覆飼料製成水產益健飼料，可即拆即食、無須人工額外添加，每公克100萬隻益生菌在高溫儲藏3個月下數量不變；使用水試所短小芽孢桿菌D5、乳酸菌B4製成的益健飼料，更可讓魚蝦養成率多1成。. 水產粒狀飼料製程 ...
周信佑將過去開發口服疫苗的水產用三重相乳化包埋技術應用在益生菌上，保護益生菌免受高溫、鹽分、酸鹼影響，她表示，未經包埋的益生菌，模擬存放在37度倉庫，8天就沒有任何菌株存活，經過包埋的益生菌可耐溫一個月，這意味著可以將菌種至放在室溫
水試所表示，文獻指出，以益生菌及聚糖、寡糖等益菌素（prebiotics）作為飼料添加物，可增進魚蝦類成長及免疫力；且合併使用益生菌及益菌素，效果通常比二者單獨使用效果的總合還高。
益生菌可以改善人體腸道微生物平衡，適度補充優酪乳、納豆、泡菜等富含益生菌的食品，有助維持腸道健康；不僅人體需要益生菌，大自然中也存在許多微生物，能夠幫助植物頭好壯壯。. 經過學者專家多年努力，已有不少天然好菌，被開發為生物肥料、生物 ...
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