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2020年1月20日，因應國際已有多起 嚴重特殊傳染性肺炎 案例，國家衛生指揮中心針對該疾病開設「 嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心 」，由疾管署署長 周志浩 擔任指揮官。 1月23日， 行政院 將該指揮中心提升為二級開設，指揮官改由時任衛生福利部部長 陳時中 擔任，副指揮官由時任內政部政務次長 陳宗彥 擔任。 2月27日，行政院將該指揮中心再提升為一級開設 [1] ，指揮官繼續由時任衛生福利部部長 陳時中 擔任。 2020年3月9日，增設副指揮官並調整內部組織運作 [2] 。 4月15日，增設法務組。 6月7日，疫情記者會從每天舉辦改為一週一次，訂於每週三下午2時舉行 [3] 。 2021年1月12日，因應 部桃群聚感染事件 ，重啟每日記者會。
2021年7月8日 · 2月3日，中央流行疫情指揮中心宣布，考量國際疫情持續嚴峻，為確保開學前校園環境衛生安全、完備防疫作業與環境清潔消毒，高中職以下各級學校延後到2月22日開學，7月2日為最後上課日及休業式；大專校院、樂齡及社大等機構2月22日以後開學。
2020年2月26日 · 中華民國衛生福利部稱，自發現疫情至今，國家衛生指揮中心中央流行疫情指揮中心始終抱持著資訊公開透明的態度，為民眾提供即時的疫情訊息及正確的防疫觀念 [239]。
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中央流行疫情指揮中心為民眾提供什麼訊息?
中央流行疫情指揮中心的任務編組分成哪三大單位?
臺灣在防疫工作中首創了多少個智慧型防疫系統?
2月29日，中央流行疫情指揮中心宣布第一起院內感染事件，為案34的相關案例，要求醫院關閉案34確診前之住院病房，並進行環境清潔消毒；針對有症狀工作人員，若2次採檢皆為陰性，仍應居家隔離14天，期滿後再採檢1次為陰性才能上班；無症狀工作人員則須
嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心（簡稱疫情指揮中心，英語： Central Epidemic Command Center，縮寫CECC ）是中華民國（臺灣）因應嚴重特殊傳染性肺炎（Covid-19）疫情而於2020年1月20日至2023年5月1日開設的中央疫情指揮中心。
5月19日，中央流行疫情指揮中心宣佈，因臺灣本土疫情持續嚴峻，將第三級防疫警戒範圍擴大至全國、至5月28日 [1] [2]。5月25日，中央流行疫情指揮中心宣布，全國第三級警戒首次延長至6月14日 [3]。
2月3日，中央流行疫情指揮中心宣布，考量國際疫情持續嚴峻，為確保開學前校園環境衛生安全、完備防疫作業與環境清潔消毒，高中職以下各級學校延後到2月22日開學，7月2日為最後上課日及休業式；大專校院、樂齡及社大等機構2月22日以後開學。
