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常規接種時程：應接種 4 劑 滿15個月接種第1劑，間隔28天後接種第2劑；間隔12個月後接種第3劑，滿5歲入小學前再接種第4劑。 基礎劑兩劑間隔至少28天，追加劑與前一劑間隔至少6個月。 接種劑量、途徑 未滿3歲為0.25ml，滿3歲以上0.5ml
(一) 已接種 1 劑：與前一劑間隔 14 天以上接種第 1 劑，間隔 12 個月接種第 2 劑。 (二) 已接種 2 劑：與最後一劑間隔至少 12 個月後接種 1 劑，其後不必再追加。 (三) 已接種 3 劑：滿 5 歲至入學前接種 1 劑，與最後一劑間隔至少 12 個月。
主要原因可能有二:(1)實施全面幼兒日本腦炎預防接種;(2)鄉村都市化,養豬戶集中化等,使人與病媒蚊接觸機會逐年降低,導致高年齡層易感性宿主增加。 (五)臺灣日本腦炎的病媒蚊主要為三斑家蚊、環紋家蚊和白頭家蚊。 流行初期利用動物→ 蚊→ 動物的方式傳播,當流行範圍擴大後出現動物→ 蚊→人的途徑。 臺灣以豬為主要的增幅動物(amplifying animal),豬將病毒增幅後開始人的流行。 1999 至2007年臺灣南部豬隻日本腦炎血清抗體監測結果發現,每年都大約在豬抗體陽性率超過50 %之後1 至2週,出現當年流行季的首例確定病例。 (六)各縣市均曾有確定病例發生,流行地區遍及全臺灣,惟均為散發病例。 (七)臺灣病例概況:詳見衛生福利部疾病管制署「傳染病統計資料查詢系統」。
國內長期使用的不活化疫苗，它的接種效益與安全性無虞，但順應疫苗產製技術轉變與使用趨勢，自106年5月22日起改採用細胞培養製程之活性減毒疫苗，接種兩劑，可建立充足的保護力，也減少家長攜幼兒往返院所的次數與負擔。. 最後更新日期 2019/1/30.
日本腦炎是由蚊子叮咬後感染日本腦炎病毒所引起之急性腦膜炎，台灣地區以三斑家蚊為主要傳染媒介，病毒在豬牛身上繁殖，經由蚊子叮咬而傳染，在台灣流行季節主要在每年5月至10月，病例高峰通常出現在6、7月，因此，目前幼兒日本腦炎疫苗常規預防接種，集中於每年3至5月實施。 接種疫苗是預防日本腦炎最有效的方法，衛生署疾病管制局呼籲，家中有幼兒的父母親，請不要忽略疫苗接種的重要，應按時完成日本腦炎疫苗接種。 我國係於民國五十七年開始針對幼兒實施日本腦炎疫苗接種，目前年屆四十且過去未曾接種疫苗的民眾，如赴流行地區或工作場所接近養豬場等高危險地區，則可考慮自費接種日本腦炎疫苗預防。
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一般為注射部位疼痛、紅、腫；少數於接種後3-7天可能出現輕微或中度全身無力、肌痛、易怒、食慾不振、發燒、頭痛等症狀，會在數天內恢復。 至於嚴重過敏、昏睡或痙攣等症狀則極為罕見。 如上述症狀持續未獲改善，應儘速就醫處理，並請醫師通報衛生單位。 連結. 日本腦炎活性減毒疫苗Q&A.
