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嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心（簡稱疫情指揮中心，英語： Central Epidemic Command Center，縮寫CECC ）是中華民國（臺灣）因應嚴重特殊傳染性肺炎（Covid-19）疫情而於2020年1月20日至2023年5月1日開設的中央疫情指揮中心。
國家衛生指揮中心中央流行疫情指揮中心 （英語： Central Epidemic Command Center, Nation Health Command Center ，縮寫 CECC ，簡稱 中央疫情指揮中心 ）為 中華民國 國家衛生指揮中心 （NHCC）在因應 傳染病 大流行 而設置之 中央 層級的任務編組單位。 與生物病原災害中央災害應變中心、反生物恐怖攻擊指揮中心及中央緊急醫療災難應變中心等4個任務編組相互結合，同屬國家衛生指揮中心的一環，依疫情及災變需求而開設相對應的指揮應變中心。
國家衛生指揮中心中央流行疫情指揮中心 （英語： Central Epidemic Command Center, Nation Health Command Center ，縮寫 CECC ，簡稱 中央疫情指揮中心 ）為 中華民國 國家衛生指揮中心 （NHCC）在因應 傳染病 大流行 而設置之 中央 層級的任務編組單位。 與生物病原災害中央災害應變中心、反生物恐怖攻擊指揮中心及中央緊急醫療災難應變中心等4個任務編組相互結合，同屬國家衛生指揮中心的一環，依疫情及災變需求而開設相對應的指揮應變中心。
- 開設時派任
- 中央衛生主管業務機關
- 開設時派任
- 衛生福利部
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2021年7月8日 · 2月3日，中央流行疫情指揮中心宣布，考量國際疫情持續嚴峻，為確保開學前校園環境衛生安全、完備防疫作業與環境清潔消毒，高中職以下各級學校延後到2月22日開學，7月2日為最後上課日及休業式； 大專校院 、 樂齡 及 社大 等機構2月22日以後開學。 2月18日至21日延後開學期間，照顧12歲以下學童或國高中、五專前3年持有身心障礙證明的子女，家長1人可請防疫照顧假。 大型考試時間， 四技二專二技統測 （5月1日至2日）及 國中教育會考 （5月15日至16日），考試日程不變、考試範圍配合調整，另行公告。 大學指考 原訂7月1日至3日，延後到7月3日至5日辦理，考試範圍不變 [14] [15] 。
2020年2月26日 · 中華民國衛生福利部稱，自發現疫情至今，國家衛生指揮中心中央流行疫情指揮中心始終抱持著資訊公開透明的態度，為民眾提供即時的疫情訊息及正確的防疫觀念 [239]。
疫情在2019年末於 中國 湖北省 武汉市 爆發後，對臺灣的實質影響開始於2020年1月；由於臺灣與中國大陸的人員與物資往來密切，以及全球各地陸續發生疫情， 政府 在疫情期間依《 傳染病防治法 》成立應對單位—— 中央流行疫情指揮中心 ，負責統整協調指揮各政府部門來處理各種防疫措施，包括是否檢疫的標準、國內 人員管制 、出入境管制、口罩管制措施等，並每日對外說明臺灣及全球的疫情發展與狀況 [8] 。 2020年度累積：確診數799例（本土56例、境外704例、敦睦36例、航空器2例、不明1例）、7例死亡。 首例確診前. 衛生福利部 部長 陳時中 ，於2020年1月23日兼任提升為二級開設的 中央流行疫情指揮中心 指揮官，同年2月27日指揮中心再提升為一級開設。
其中新設中央指揮體系的「國家衛生指揮中心」、及透過法制程序授權成立下屬的「 中央流行疫情指揮中心 」，統整資源、設備、人力來讓防疫決策一致化 [6] 。 疾病管制局提高位階改制為 疾病管制署 ，增聘專業技術人員、教育人員、醫事人員，並與部會間有密切的協作機制 [7] 。 臺灣還增加 傳染病防疫醫師 的制度與訓練、儲備 口罩 與 防護服 等防疫物資，並積極投資新興傳染病科技的研發 [8] 。 同時政府修法建立「傳染病防治醫療網」，主要由隔離醫院、應變醫院、支援合作醫院等三種 醫院 組成 [9] 。 臺灣醫療體系自此重視感染管制措施，將院內感染管制列為例行醫院評鑑中的查核項目 [10] 。 醫界配合建立完善的傳染病監測系統，並擴充疾病管制署、中央實驗室和合約實驗室的檢驗能量 [11] 。
