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台灣原本的《傳染病防治法》和《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》（簡稱《特別條例》）中，執行防疫業務的從業人員，能領到由政府給的補償；《特別條例》則針對配合防疫規範隔離的民眾，符合相關資格也提供補償。
早在2020年3月，衛福部即公告了 《嚴重特殊傳染性肺炎隔離及檢疫期間防疫補償辦法》 ，補償因配合國家防疫政策，受檢疫或隔離期間喪失人身自由、或因請假未領薪資之經濟損失，每人每日可申請1,000元補償金。 但以部桃院內感染為例，包括案881的九旬老翁、和案889的住院病患，皆是屬於「被動」的院內感染例子，甚至家人也在不知情下被感染，但因不屬於法定的「相關傳染病工作人員」，沒有補償金請領資格；甚至住院治療其間，也不屬防疫隔離狀況，不能申請一天1,000元的隔離補償金。 國家唯一負擔的，是他們因染疫住院期間的醫療費用。 此外，案863部桃護理師一家7人中6人染疫，同住的高齡80多歲婆婆更不幸病逝，這些都是院內感染外擴的病例，政府也僅補助死者的病理解剖和殯葬費。 法律上的「公平性」仍待討論.
陳時中也在5月5日宣布，修訂「嚴重特殊傳染性肺炎」的病例定義，正式將快篩視為確診工具，但對象限定為「居家隔離」、「自主防疫」，以及「居家檢疫」者，快篩陽性經醫事人員確診後，則視為陽性。
2020年3月23日 · 台灣1月15日將2019-nCoV引發的疾病納入第五類法定傳染病，定名為「嚴重特殊傳染性肺炎」；2月11日WHO正式將疾病名稱統一為「COVID-19」，其中，CO指冠狀（corona）、VI為病毒（virus）、D則是疾病（disease），19是2019年，創造出一個組合式的新名詞，是希望能去除以地方命名的汙名化爭議。 由於這個全新病毒引發的疾病，最早在2019年12月由中國武漢傳出，當時在病原不明下，被簡稱為「武漢肺炎」。 但過去因「豬流感」、「中東呼吸症候群冠狀病毒感染症」（MERS）等命名激起宗教反對、屠殺動物等負面影響，因此，2015年WHO即發表建議命名指引，不再以地名或特定對象命名，不是此次武漢肺炎後才做出的決議。
2023年3月19日 · 中央流行疫情指揮中心宣布，2023年3月20日起，包含「0＋N輕症免隔離」、確診者同住家人及入境民眾自主防疫（0+7）等強制隔離全面取消。 台灣自2020年1月15日起將COVID-19列為第5類法定傳染病以後，歷經1,159天終於真正大解封。 但3年多的防疫非常手段，亦出現逾權的爭議；其中，對於2021年6月底至2022年3月初強制入境者自費（重點高風險國家入境者可公費）住防疫旅館和隔離檢疫所14天、隔離天數甚至有「入境日被計為第0天」不算數的措施，已出現第一起一審告贏政府的判例。 《報導者》專訪該起官司的原告，這名出身野百合學運世代的企業家彭天豪對我們表示，提告的初衷，來自對台灣民主法治維護的期待。
2020年4月10日 · 2月7日衛福部網站便發布訊息，在捷運、公車等大眾運輸工具不必戴口罩，台灣目前沒有社區感染情形，只要遵守口罩使用三時機：看病、陪病、探病的時候要戴，有呼吸道症狀者應戴口罩，有慢性病者外出建議戴口罩，就能有很好的保護網。 搭乘通氣量足夠的大眾運輸（如公車、捷運、高鐵），不用擔心不戴口罩會被感染。 不過到了4月4日，指揮中心宣布搭乘大眾運輸工具應全面戴口罩，未戴者不聽勸最高可罰1萬5,000元。 指揮中心對此解釋，台灣已經有零星社區感染個案，出現不明感染源本土案例，更重要的是歐美疫情延燒，境外移入個案增加，需保持社交距離（人與人室內1.5公尺、室外1公尺）防堵疫情，因此才會一改先前呼籲。
2020年10月29日 · 隨著台灣檢出第四例確診，中央流行疫情指揮中心指揮官、衛福部長陳時中立即宣布限制中國籍人士入境，包括「暫緩陸生來台14天」。 隨後，教育部發布 《因應嚴重特殊傳染性肺炎學校對陸生管理計劃工作指引》 （下稱《指引》），要求陸生返台後需接受14天的集中監測管理。 這意味著，不僅新學期的交換生計畫全數作廢，在台灣正式修讀學位的陸生也無法按時返校，而8,353名擁有台灣正式學籍的陸生 裡，大約700人留在台灣過年，剩下的7,000多人突然被禁止入境。 教育部公布的《指引》內容引發陸生的集體質疑。 幾位陸生連夜起草聯署，不到24小時便收到5,693份回覆，包含在學陸生4,641位。
