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2021年7月8日 · 為因應衛生福利部桃園醫院醫護人員群聚感染事件，指揮中心首次在桃園醫院成立前進指揮所，由醫療應變組副組長王必勝醫師擔任指揮官，正式啟動防治作為 [5] 。 1月13日，因國際疫情仍嚴峻，全球旅遊疫情建議維持第三級，台灣人應避免所有非必要的出國旅遊 [6] 。 1月15日，加強入境者之居家檢疫措施，入境旅客除須依原規定檢附登機前3日內檢驗報告外，亦須提供檢疫居所證明（以集中檢疫或防疫旅宿為原則，若選擇居家檢疫者，則須1人1戶且經切結）。 入境檢疫措施將視疫情及執行狀況，適時滾動調整 [7] 。 1月20日，因應台灣醫院發生COVID-19疫情，即日起強化醫療院所門禁管制措施 [8] 。 1月22日，出現首例醫師（案838）和護理師（案839）確診案例 [9] 。
2020年4月5日 · 2022年3月13日，法國駐台記者阿德里安．西莫爾（Adrien Simorre）從法國來台居家隔離第五天被驗出武漢肺炎陽性後遭救護車帶走隔離。 西莫爾在Twitter發文表示，他在一個監視器對準他病床的病房裡隔離了8天，並質疑這樣的作法是否違法？
臺灣對嚴重特殊傳染性肺炎疫情的檢疫隔離 是指中華民國在 嚴重特殊傳染性肺炎疫情 期間實行的檢疫隔離措施。 疾管署國際旅遊疫情警示. 「國際旅遊疫情警示」為 衛生福利部疾病管制署 針對各國相關流行傳染病做出的旅遊建議 [1] ，外交部領事事務局的旅遊警示會依據此情況調整；此處僅列入因2019冠状病毒病疫情而警示的現況。 自2020年3月19日0時起，不論旅遊地點分級為何，入境者皆須 居家檢疫 14天；自2020年3月21日0時起，全球旅遊疫情警示皆提升至 第三級 不宜前往 。 疾管署本土疫情警戒標準.
2020年2月26日 · 11月7日，確診者隔離改為「7+n(n=0~7)」；取消居家隔離及防疫補償。公共場所不再強制量體溫。另外確診者的接觸者取消已實施超過1000天的居家隔離。 11月10日，首批莫德納-雙價次世代疫苗（原型株+Omicron BA.4/BA.5變異株）到貨 [222]。
衛生福利部疾病管制署 （下稱疾管署）副署長 羅一鈞 看到此資訊後於同日上午寄 電子郵件 向中國大陸疾控中心查證 [10] ，同時發電子郵件至 世界衛生組織 「國際衛生條例」（IHR）聯繫窗口 [11] ，郵件中特別提及「非典型肺炎」、「病患已進行隔離治療」等字樣，強烈暗示具人傳人之可能性 [12] 。 同日傍晚6點，疾管署臨時召開記者會說明武漢市的疫情，也馬上開始針對自武漢直航入境之班機進行登機檢疫 [10] [13] [14] 。 陸委會 提醒前往中國大陸的民眾做好自我的防疫措施 [15] 。 2020年1月2日，疾管署召開「衛生福利部傳染病防治諮詢會-流感防治組農曆春節流感因應整備會議」，就武漢地區肺炎疫情進行討論。
衛生福利部疾病管制署 （下稱疾管署）副署長 羅一鈞 看到此資訊後於同日上午寄 電子郵件 向中國大陸疾控中心查證 [10] ，同時發電子郵件至 世界衛生組織 「國際衛生條例」（IHR）聯繫窗口 [11] ，郵件中特別提及「非典型肺炎」、「病患已進行隔離治療」等字樣，強烈暗示具人傳人之可能性 [12] 。 同日傍晚6點，疾管署臨時召開記者會說明武漢市的疫情，也馬上開始針對自武漢直航入境之班機進行登機檢疫 [10] [13] [14] 。 陸委會 提醒前往中國大陸的民眾做好自我的防疫措施 [15] 。 2020年1月2日，疾管署召開「衛生福利部傳染病防治諮詢會-流感防治組農曆春節流感因應整備會議」，就武漢地區肺炎疫情進行討論。
2020年2月12日 · 黃朝林 等學者的事後研究表示，疫情的最初期，本地的疾病預防控制中心有將幾位病患集中在 武漢市金銀潭醫院 進行隔離並收集樣本及數據，其中最早的數據樣本在2019年12月16日已經一採，並於嘗試治療的過程中陸續送驗 [7] 。 直到 武漢市中心醫院 急診科醫生對於懷疑可能是 社區獲得性肺炎 [註 1] 的65歲病人使用了各種 抗生素 治療仍然無效後，最後決定將肺泡灌洗液樣本送到第三方檢測機構廣州微遠基因公司進行基於二代高通量測序技術（NGS）檢測，從而試著找出確實的病原體 [8] 。
