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疫情在2019年末於 中國 湖北省 武汉市 爆發後，對臺灣的實質影響開始於2020年1月；由於臺灣與中國大陸的人員與物資往來密切，以及全球各地陸續發生疫情， 政府 在疫情期間依《 傳染病防治法 》成立應對單位—— 中央流行疫情指揮中心 ，負責統整協調指揮各政府部門來處理各種防疫措施，包括是否檢疫的標準、國內 人員管制 、出入境管制、口罩管制措施等，並每日對外說明臺灣及全球的疫情發展與狀況 [8] 。 2020年度累積：確診數799例（本土56例、境外704例、敦睦36例、航空器2例、不明1例）、7例死亡。 首例確診前. 衛生福利部 部長 陳時中 ，於2020年1月23日兼任提升為二級開設的 中央流行疫情指揮中心 指揮官，同年2月27日指揮中心再提升為一級開設。
考量COVID-19疾病嚴重度下降，國內疫情穩定可控，且國際間亦朝向調降防疫等級，於2023年5月1日起 「嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)」由第五類傳染病調整為第四類傳染病。
嚴重特殊傳染性肺炎防治專區. ::: 疫苗預約. 機關防疫. 防疫公告. 407610臺中市西屯區臺灣大道三段99號 Tel:04-22289111．行動代表號：0910-289111. 臺中市1999服務專線 (免付費電話服務、公共電話及預付卡除外)，外縣市請撥：04-2220-3585. 更新日期 113年4月11日.
1月21日台灣的首例嚴重特殊傳染性肺炎確診後，疾管署提升中國湖北省武漢市旅遊疫情建議至第三級警告，提醒如非必要應避免前往當地 [26] ；大陸委員會也依指揮中心決定，同步調升武漢的旅遊警示燈為「橙色」，建議民眾避免非必要前往旅行 [27] ；同日 行政院 院長 蘇貞昌 表示政府嚴陣以待，境內備有約4400萬個 外科口罩 ，並備有約193萬個 N95口罩 ；隔日 交通部觀光局 停止旅行業出團至湖北旅遊，也停止接湖北的旅遊團。 交通部 部長 林佳龍 指示，23日至29日共10個武漢赴台旅遊團也協調取消 [28] ；為配合防疫政策， 內政部移民署 在同日晚間已針對觀光局所提供擬於1月底赴台的武漢團24團429人辦理廢證，且即日起暫停核發武漢旅遊團的入境許可 [29] 。
2023年4月25日 · 中央流行疫情指揮中心今 (25)日表示，鑒於COVID-19疾病嚴重度下降，國內疫情持續穩定且處於低點，且國際間亦朝向調降防疫等級，故宣布自5月1日起，「嚴重特殊傳染性肺炎 (COVID-19)」調整為第四類傳染病。 另，考量中央各部會及地方政府於指揮中心運作期間已強化聯繫合作與應變能力，經盤點國內醫療量能及防疫物資儲備情形，綜合評估疫情發展及病毒變異株變化趨勢，行政院同意指揮中心於同日一併解編，由衛福部成立跨單位防治聯繫會報持續COVID-19整備應變工作。 指揮中心說明，5月1日防疫降階後，調整措施及工作重點如下： 一、 多元監測疫情，每週主動說明：疾管署持續以多元管道監測國內外疫情及變異株流行趨勢，於每週例行記者會向國人報告。
2020年2月26日 · 嚴重特殊傳染性肺炎臺灣疫情是指在中華民國發生的嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）疫情。 病例分布以新北市最多1,563例，其次為臺北市957例。 連江縣無併發症病例。
