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2023年4月25日 · 隨著國際與國內疫情趨緩，陳建仁今天前往視察「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」（指揮中心），由指揮官王必勝、行政院首席防疫顧問張上淳、疾管署長莊人祥迎接後參與會議，聽取指揮中心針對新冠肺炎從第五類法定傳染病降級為第四類，以及降級或解編規劃等簡報。 指揮中心陪伴國人逾千日 陳建仁感謝國人配合防疫. 陳建仁受訪表示，經過大家的努力，新冠肺炎疫情已經過了1192天，在這一段期間，他特別感謝行政院前院長蘇貞昌的行政團隊，以及歷任指揮官所帶領的防疫團隊，在這一段期間跨部會的協調。 陳建仁感謝在第一線的防疫與醫療人員，以及所有服務民眾的人員，感謝其所付出的辛勞與服務、奉獻；陳建仁也不忘表示感謝2300萬人民配合政府做好防疫工作，讓全世界都能夠看到台灣令人讚賞的COVID-19防疫成績。
2022年10月1日 · 指揮中心 薛瑞元 疫苗. 在行政院宣布10月13日開放國門後，中央流行疫情指揮中心是否退場的問題也受到廣泛議論，對此，衛福部長薛瑞元今（1）日表示，指揮中心是否裁撤要看疫情發展狀況，更何況現行的很多指引、命令還有藥品、疫苗、快篩EUA（緊急使用授權）等，都和指揮中心掛在一起，因此若是指揮中心被裁撤，相關的疫苗、藥品等全都必須銷毀，所以存續與否要好好考慮。
2022年2月6日 · 中央流行疫情指揮中心今 (6)日公布國內新增43例新冠肺炎（COVID-19）確定病例，分別為14例本土個案、29例境外移入，有13例為隔離後因轉陽個案。 今日新增本土個案為2例男性、12例女性，年齡介於10多歲至70多歲。 不過，指揮中心認為今天疫情單純，並未舉行記者會。 指揮中心發言人莊人祥表示，桃園7例個案皆為亞旭員工，隔離期滿採檢陽性；高雄4例，其中3例為陰轉陽個案，推估與高雄港群聚有關；至於新北市陰轉陽有3例，與日翊物流、台北房仲群聚以及宜蘭長榮飯店群聚有關。 至於其他個案，高雄案19244則與高雄港相關，但感染源還在調查當中。 莊人祥指出，這名陽姓個案為「引水人」，個案因為工作需求每週都要定期快篩，也已經打過3劑疫苗（分別為2劑AZ、1劑莫德納）。
2021年5月25日 · 今 (5/25)中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中，於下午記者會時宣布，全國三級警戒延長至6/14日。 指揮官陳時中表示，目前趨勢並沒有明顯惡化的跡象，因此也還沒有考慮升級，但依照目前的病例數、採檢速度，以及各地陽性率高，發病日看起來距離採檢和報告出來的時間仍長，恐有仍有隱藏病例還沒被發現，也因為尚有隱憂，所以不能在5月28日解除三級警戒。 但經過這段時間的觀察，人流的管制措施仍有一定的效力，專家也強烈建議社區管理絕不能放鬆，所以決定將三級警戒延長到6月14日。 陳時中強調，大家務必要要把個人責任盡到，口罩戴好、保持社交距離，不必要的移動與聚會減到最低，有任何聚會要遵守室內5人，室外10人的規定。 疫情仍然嚴峻，請大家為了防疫一定要確實做到最好。
2021年7月24日 · 中央流行疫情指揮中心今 (24)日表示，我國新增24本土確診案例，其中又以新北市9例為最多；為因應將來降級解封及協助精準疫調，已建置完成「疫調輔助平臺」，預計於今 (110)年7月26日上線，提供熱區地圖、疫調軌跡、簡訊實聯制疫調查詢等功能之整合平臺，嚴格限制提供各地方政府有權進行疫調之人員登入使用，以協助地方政府疫調人員能更便捷進行疫調工作。 指揮中心指出，我國COVID-19疫情進入社區感染階段後，全國疫情警戒也提升至第三級，各地方政府疫調作業均須處理大量資訊，有賴以科技方式整合各項資料來源，協助精準疫調，降低人工成本，提升效率。
2022年6月2日 · 中央流行疫情指揮中心今 (2)日公布國內新增76,986例COVID-19確定病例，分別為76,967例本土個案及19例境外移入；另確診個案中新增144例死亡。 醫療應變組組長羅一鈞表示，144例死亡個案中，有一名為9歲男童，本身有橫膈膜疝氣病史，經手術修復；5月28日出現嘔吐，5月29日下午送醫前1小時，家人發現語無倫次、意識不清情況，緊急叫119送醫，到院時已無生命跡象，快篩陰性，急救30分鐘無效死亡，後來PCR檢驗陽性，行政相驗診斷死因為心肺衰竭、新冠確診。 確診解隔仍「快篩2條線」怎辦？ 陳時中：做好這3件事. 本土疫情仍處在高峰，愈來愈多國人因確診而居家隔離中，有媒體今（2）日在記者會上提問，研究指出有1／5的確診者在發病10天後依然快篩陽性，擔心是否還具有傳染力？
2023年4月16日 · 指揮中心表示，新冠疫情持續穩定，自4月17日起，從原本規定大眾運輸工具須配戴口罩，改為「建議配戴」，但「醫療照護機構」與「救護車」這2個場域仍強制佩戴。 此外，校車、幼兒園專車、校園接駁車等也比照公共運輸，從規定配戴改為建議配戴口罩。 至於為何放寬公共運輸口罩規定，主要考量3大因素，首先，目前台灣的自然感染率已經接近45％ (推估已超過70％)，65歲以上長者接種至少4劑疫苗已經接近50％，群體免疫力已較2月提升，同時也未再偵測到高威脅性的變異株。 第2個因素是，觀察口罩令鬆綁後，民眾仍會自主佩戴口罩，因此還給民眾自主決定權。 第3是，大多數國家已不再規定搭乘公共運輸交通工具需佩戴口罩，改為自主佩戴。
