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禽流感防疫工作，需要中央、地方及全民的力量一同配合始能竟其功，中央將依疫情狀況滾動式檢討及調整各項防疫措施，並請地方落實辦理，養禽業者則應確實加強禽場防鳥設施暨相關生物安全措施等防疫整備工作，共同阻絕疫情發生；未來政府也將朝協助農民改善畜養方式，及建置良好的室內畜養環境，讓畜養的禽類減少接觸禽流感病毒的可能性，逐步消弭國內禽流感疫情的發生。
依「我國因應流感大流行準備第二期計畫」進行各項流感大流行整備及防治工作，並規劃因應機制及各項作為，同時儲備疫苗藥物及個人防護具，以支援防疫工作之進行。 透過與農委會建立單一窗口，持續掌握國內禽場疫情之發生狀況。 針對發生禽流感之禽場，立即督導及協助衛生局派員進行疫情調查，瞭解可能接觸者之健康狀況，視需要採檢接觸者檢體送驗，給予衛教並請其進行自主健康管理7天，對於出現疑似症狀者，由轄區衛生單位安排就醫、通報與採檢送驗。 加強疾病的監測及通報，醫師如發現疑似個案，立即通報衛生局，由傳染病防治醫療網指揮官責成應變醫院專責收治。 持續監測國際間禽流感疫情資訊，並加強國內各項疫情監測，定時公布國內外最新疫情現況。 製作各式衛教宣導素材，透由多元管道進行分眾衛教宣導。
行政院今（15）日下午由張善政副院長召開「行政院禽流感應變處理小組第1次會議」，除聽取各相關部會報告當前採取的防疫措施，以及部會間相互配合事項外，並依任務性質由相關部會分成6組，包括疫情控制組、產業輔導組、健康照護組、物資整備組、民生經濟組，以及新聞資訊組，張副院長責成各組積極相互合作，全力投入防疫。 有關臺南市賴清德市長在院會提出請求中央支援，協助搬運病死家禽，張副院長表示，已協調國軍協助搬運，明日國軍便會投入人力支援臺南市政府，其他地方政府若有需要，也將會協助。 在防控禽流感方面，農委會表示，該會以超前部署精神，以料敵從寬，迅速撲殺，阻斷傳播病毒方式，加強防控禽流感疫情，自今年1月18日起，所有送往屠宰場屠宰的水禽，均須確實執行檢附獸醫師簽署的水禽健康證明書，降低病毒及疫情的擴散風險。
行政院禽流感疫情應變中心在今（104）年1月14日成立，前已召開9次會議，統合各界資源，建立三軸線防疫機制，強化中央與地方密切合作，上半年疫情也獲穩定控制。 但根據農委會統計資料，目前仍有零星案例發生，仍需請養禽業者、地方政府及相關部會持續提高警覺，加強各項防疫整備工作，共同防堵禽流感疫情發生及傳播。 在撲殺補償部分，農委會表示，符合補償條件者，依評價額預撥6成，案例發生熱區縣市由中央負擔95%，其他案例縣市中央負擔90%，目前累計調度新臺幣16.739億元予禽流感案例發生縣市，已撥出13億9,250萬9千元，其中863場占撲殺場88.4%已收到全額補償費，868場占撲殺場88.9%已收到撥付之6成補償費。
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鑒於高病原性家禽流行性感冒可經由渡冬候鳥或非法走私管道傳入， 總統與行政院 謝院長均十分關心國內對本病之防範與整備情形，故分別於94年8月9日向 院長作「家禽流行性感冒之監測與防範措施」簡報；8月19日總統召開「因應禽流感可能入侵防治對策」會議及10月31日召開第二次會議，該等會議裁示「各級機關應本於權責落實推動各項防範措施」，農委會依據 總統及院長裁示事項之重要因應作為，以及督導縣市動物防疫機關所辦理之動物防疫事項如下： 一、舉開重要防範工作會議. (一)94年（以下同）8月26日由胡勝正政務委員、衛生署侯勝茂署長及農委會李金龍主任委員召開「中央防治重要動物傳染病因應小組」第十次會議，啟動跨部會防疫機制及確定各部會分工事宜。
相關禽流感疫情之因應與應變防治措施說明如下： . 一、 因應禽類疫情之監測及物資整備. (一) 本部疾管署在「流感大流行因應準備計畫」下，已建置疫情偵測系統及防疫應變體系，所以對於發現人類疑似病例的通報、處置及接觸者追蹤等都已有標準作業程序。 本(104)年1月13日並由張召集人上淳主持「傳染病防治諮詢會流感防治組」臨時會議，與會專家認為現階段H5N2及H5N8禽流感對人類健康風險仍低，惟應持續加強新型A型流感之監測，以利因應。 另依行政院指示「超前部署，預做相關防範準備」，完成「禽流感疫情『禽傳人』超前部署作為具體措施規劃」。
