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目前中國等國家使用的禽流感疫苗是死毒疫苗，連一洋說，死毒疫苗存在病毒全組基因，為病毒基因重組變異提供很大的機會，但目前動物疫苗的製作技術已提升很多，動物用載體疫苗已相當商業化，例如，雞隻有一種傳染性華氏囊炎（IBD），其疫苗就是載體疫苗，以馬立克病的疱疹病毒當載體，把可使雞隻產生保護性免疫反應的抗原帶入，即可使雞隻獲得對抗IBD的保護力，這支疫苗已商業化生產，廣泛用於養雞場。 連一洋表示，如果要打禽流感疫苗，現有的死毒疫苗造成病毒基因重組的風險較高，確實有疑慮，且效果似乎有限，因為中國、越南等有打疫苗的國家，還是照樣有禽流感疫情，目前，禽流感的載體疫苗尚未商業化上市，但載體疫苗在動物用疫苗市場已是成熟的技術及商品，研發禽流感的載體疫苗不是難事。
國際使用禽流感疫苗國家計有中國、越南、埃及、印尼、墨西哥等國，但施打疫苗國家均無法有效控制禽流感疫情，且仍有人類感染高病原性禽流感案例，具有公共衛生風險。 中興大學名譽教授謝快樂指出，禽流感強病毒株每年有變化，不是進口疫苗就可適用國內疫情，且禽流感疫苗只能用死毒疫苗，製作疫苗有效性劑量要達10的8次方，強毒株培養困難，製造疫苗難度高；使用疫苗或許可維持蛋雞生產，具有經濟效益，但蛋雞會排毒，雞場一周清一次雞糞，環境病毒累積跟沒使用疫苗雞場差不多，無法有效降低疫病感染風險。 臺大獸醫學院退休教授蔡向榮質疑國內雞場是否有足夠生產疫苗產能，符合疫苗生產的規格場不足，也無法生產疫苗。
原來光是製造流感疫苗，全球就有上千萬顆的胚胎蛋市場。 這些胚胎蛋必須由無菌科技農場中飼養的雞隻孵化，門檻高、售價也水漲船高。 臺灣生醫業者國光生技近年來逐步拉高在地採購比例，而保富潔淨農場就是去年剛加入的胚胎蛋供應商。
防檢署指出，拒絕「施打禽流感疫苗」國家作為專案蛋品來源國的考量有二：一是禽流感疫苗無法有效控制疫情，反倒提高疾病風險，二是我國未使用禽流感疫苗。 防檢署說明，禽流感防疫專家小組討論結果指出，使用禽流感疫苗雖然可以降低雞隻死亡、症狀及排毒，但無法避免雞隻感染禽流感，部分雞隻會有病毒存在卻無臨床症狀，反而增加其他禽種感染發病風險。 此外，雞隻施打疫苗的情形下，也容易產生禽流感病毒變異，而增加感染哺乳動物及人的機會。 防檢署表示，目前例行使用禽流感疫苗的國家，均無法有效控制禽流感疫情，因此輸入的產品風險也提高，考量我國未使用禽流感疫苗，依據世界貿易組織國民待遇原則之精神，所以我國選擇未施打禽流感疫苗的國家，作為專案蛋品的來源國，以保護禽畜生產安全並兼顧民生需求。
巴斯德的第一件作品是家禽霍亂（fowl cholera）疫苗。 他發現雞隻接觸弱化的細菌後，會對疾病有抵抗性。 隨後於1885年，開發狂犬病（rabies）疫苗，並於1887年創立了巴斯德研究所（Institut Pasteur），成功從動物醫學過渡到人類醫學領域。 不僅衛生學家對巴斯德深信不疑，「巴斯德」一詞在法國人的文化中，已代表現代安全社會的象徵。 而臺灣動物用疫苗研究起因於早期牛瘟疫情，當時牛隻死亡慘重，有關單位於1904年在屏東各地實施牛瘟血清注射試驗，成果頗佳。 1905年於阿猴廳（今為屏東）設立牛瘟血清作業所，是臺灣動物用生物藥品研發、製造機構的開始。
陳吉仲表示，現在東南亞國家、中國等都有施打禽流感疫苗，先進國家不施打禽流感疫苗的原因，就是擔心禽流感病毒像H5N1會禽傳人，如果是為了降低禽流感對家禽產業的影響，先進國家也有在考慮是否施打疫苗，世界動物衛生組織（WOAH）也正在積極討論家禽施打禽流感疫苗的必要性，「我們也還在討論中，會視未來的技術而定，但目前是不會考慮施打疫苗的」。 陳吉仲說，疫苗雖可抑制禽流感，但也會導致禽傳人風險提高，這是臺灣沒有要施打禽流感疫苗的主要原因，「目前是不考慮，但未來的話，要看疫苗的有效性等整體情況」，是否施打禽流感疫苗，也不只考慮家禽產業，還要考慮公衛的部分。
A1： 禽流感的週期性是大家都很期待可以找到的規律，可惜病毒的演化趨勢就跟突變一樣，是逢機而無法預測的。 所以幾年會產生一種強大的病毒、是哪一種亞型，真的都是天意。 即便在人類的流感疫苗，每年世界衛生組織都會建議好幾種病毒株讓疫苗廠生產，還是常常猜錯呢！ Q2：如果每年候鳥遷徒時，觀察西伯利亞的禽流感病毒發生情況，是否有助於預測未來疫情是否發生？ A2： 是的，這樣多少會有點幫助。 最好的例子就是這幾年來只要日本或韓國爆發高病原性禽流感，我國在當年冬天就要提高警覺。 如果能把前哨站拉到更北方的蒙古或西伯利亞，資訊一定更豐富。 Q3：哪些禽鳥比較易感？ 蛋雞是不是其中之一？ 這一波為何蛋雞產業撲殺最慘烈？
