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2021年7月8日 · 為因應衛生福利部桃園醫院醫護人員群聚感染事件，指揮中心首次在桃園醫院成立前進指揮所，由醫療應變組副組長王必勝醫師擔任指揮官，正式啟動防治作為 [5] 。 1月13日，因國際疫情仍嚴峻，全球旅遊疫情建議維持第三級，台灣人應避免所有非必要的出國旅遊 [6] 。 1月15日，加強入境者之居家檢疫措施，入境旅客除須依原規定檢附登機前3日內檢驗報告外，亦須提供檢疫居所證明（以集中檢疫或防疫旅宿為原則，若選擇居家檢疫者，則須1人1戶且經切結）。 入境檢疫措施將視疫情及執行狀況，適時滾動調整 [7] 。 1月20日，因應台灣醫院發生COVID-19疫情，即日起強化醫療院所門禁管制措施 [8] 。 1月22日，出現首例醫師（案838）和護理師（案839）確診案例 [9] 。
2022年1月28日 · 這階段在2022年間，先後發生「防疫旅館、醫院」、桃機、高雄港等地分別發生Omicron變異株（BA.1及BA.2）的本土群聚感染事件，均受到「境外移入」感染者影響，進而形成本土大規模感染，導致疫情加劇。 1月1日，台灣無新增本土病例及死亡病例 [1]。 1月2日，台灣無新增本土病例（校正後為1例）及 ...
2020年2月26日 · 臺灣還增加傳染病防疫醫師的制度與訓練、儲備口罩與防護服等防疫物資，並積極投資新興傳染病科技的研發 [8]。 同時政府修法建立「傳染病防治醫療網」，主要由隔離醫院、應變醫院、支援合作醫院等三種 醫院 組成 [9] 。
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負責管理傳染病防治醫療網、集中檢疫場所、大型收治場所等感染管制事項。 物資組 不詳 蔡壽洤 衛生福利部秘書處處長 負責各式醫療物資供應、分配及管理。 研發組 不詳 吳秀梅 衛生福利部食品藥物管理署署長 [11]
總統 蔡英文. 行政院院長 蘇貞昌. 時任總統府秘書長 陳菊. 1月23日，中央流行疫情指揮中心宣布將中心由三級提升至二級，由 衛生福利部 部長 陳時中 擔任指揮官 [32] 。 原本只針對武漢人士的邊境檢疫擴大到所有中國大陸入境者，並拒絕居住於湖北省武漢市的居民登機入境，入境旅客必須詳實填寫行蹤記錄與健康狀況聲明書 [33] ；隔日中央流行疫情中心宣布，為確保當地的口罩供應充足，自1月24日起管制N95口罩及外科口罩出口一個月 [34] [35] ，並要求25日凌晨零點開始到該月底，全面暫停旅行團前往中國大陸旅遊 [36] 。 蘇貞昌院長指示衛福部持續落實邊境檢疫應變措施，加強入境旅客發燒篩檢，強化相關防疫措施 [37] 。
防疫應變所需之資源、設備及相關機關（構）人員等之統籌與整合。 防疫應變所需之新聞發布、教育宣導、傳播媒體優先使用、入出國（境）管制、居家檢疫、國際組織聯繫與合作、機場與港口管制、運輸工具徵用、公共環境清消、勞動安全衛生、人畜共通傳染病防治及其他流行疫情防治必要措施。
年初. 自2021年1月1日起，航空公司即須開始實施修正版「國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則」，其內容要求航空公司強化外站管制、機上全程防護、持續派飛管理及查核機制下（長程航班或入境他國的機組員，返國後必須完成7天居家檢疫，且安排採檢陰性後，方可進入社區，且第8天至第14天還應遵循 加強版自主健康管理 （ 页面存档备份 ，存于 互联网档案馆 ））。 民航局及航空公司則將透過查核機制進行稽查 [1] 。 1月1日起，限縮非中華民國籍人士入境及檢疫規定，並自1月15日零時起強化入境旅客檢疫措施。 部桃群聚感染事件.
