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2021年7月8日 · 5月16日，台灣本土確診病例單日新增206例（校正後為284例），為因應近期台灣本土疫情升溫，為利傳染病防治工作進行，指揮中心也授權各直轄市、縣（市）政府以「指揮中心記者會確診個案資料發布原則」，發布確診個案公共場所活動史 [64]。
2022年1月28日 · 第二級疫情警戒 （2021年7月27日－2022年2月28日） [ 編輯] 這階段在2022年間，先後發生「 防疫旅館 、 醫院 」、 桃機 、 高雄港 等地分別發生 Omicron變異株 （BA.1及BA.2）的本土群聚感染事件，均受到「境外移入」感染者影響，進而形成本土大規模感染，導致疫情 ...
行政院院長 蘇貞昌. 時任總統府秘書長 陳菊. 1月23日，中央流行疫情指揮中心宣布將中心由三級提升至二級，由 衛生福利部 部長 陳時中 擔任指揮官 [32] 。 原本只針對武漢人士的邊境檢疫擴大到所有中國大陸入境者，並拒絕居住於湖北省武漢市的居民登機入境，入境旅客必須詳實填寫行蹤記錄與健康狀況聲明書 [33] ；隔日中央流行疫情中心宣布，為確保當地的口罩供應充足，自1月24日起管制N95口罩及外科口罩出口一個月 [34] [35] ，並要求25日凌晨零點開始到該月底，全面暫停旅行團前往中國大陸旅遊 [36] 。 蘇貞昌院長指示衛福部持續落實邊境檢疫應變措施，加強入境旅客發燒篩檢，強化相關防疫措施 [37] 。
5月16日，台灣本土確診病例單日新增206例（校正後為284例），為因應近期台灣本土疫情升溫，為利傳染病防治工作進行，指揮中心也授權各直轄市、縣（市）政府以「指揮中心記者會確診個案資料發布原則」，發布確診個案公共場所活動史 [64]。
2020年2月26日 · 而在疫情升溫後，既有的「高標準」醫療收治措施則將放寬 [95]。因應醫護人員需求大增，中央流行疫情指揮中心有條件 限制出境 （ 英語 ： Impact of the COVID-19 pandemic on healthcare workers ） [329]，醫事司亦規劃降載計劃 [330]。
而在疫情升溫後，既有的「高標準」醫療收治措施則將放寬 [95]。 因應醫護人員需求大增，中央流行疫情指揮中心有條件 限制出境 （ 英语 ： Impact of the COVID-19 pandemic on healthcare workers ） [329] ，醫事司亦規劃降載計劃 [330] 。
2021年1月21日，中央疫情指揮中心針對境外移入後之本土疫情訂定公告《疫情警戒標準及因應事項》，將疫情警戒狀態分為分為第一、二、三、四級，數字愈高管制措施愈嚴格 [15] 。 5月，由於爆發 萬華茶藝館衍生感染事件 以致陸續提升疫情警戒（已知相關案例之發病日至遲可溯及4月23日 [16] [17] ）。 5月11日，出現7例本土染疫個案，中央疫情指揮中心宣布將疫情警戒由第一級「出現境外移入導致之零星社區感染病例」立即提升至第二級「出現感染源不明之本土病例」，並實施相關限制措施 [18] 。 5月15日，新增180例本土個案（主要集中在臺北市萬華區 [19] ），指揮中心宣布臺北市、新北市提升疫情警戒至第三級。
