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2021年7月8日 · 1月24日，針對回溯1月6日至19日醫院感染事件，擴大回溯醫院相關接觸者居家隔離 [12]。 1月29日，臺灣相隔263天再度出現死亡個案。 2月1日，因應春節連假，各項防疫措施升級。
2022年1月28日 · 這階段在2022年間，先後發生「防疫旅館、醫院」、桃機、高雄港等地分別發生Omicron變異株（BA.1及BA.2）的本土群聚感染事件，均受到「境外移入」感染者影響，進而形成本土大規模感染，導致疫情加劇。 1月1日，台灣無新增本土病例及死亡病例 [1]。 1月2日，台灣無新增本土病例（校正後為1例）及 ...
境外確診個案須符合：(1)發病日至登機日已逾2個月，且症狀已緩解、(2)距發病日已達10天，且取得2次呼吸道檢體檢驗SARS-CoV-2陰性證明(須間隔至少24小時採檢)，條件之一才能搭機抵達台灣，違者將處新臺幣1萬元以上15萬元以下罰鍰 [220]。
1月7日，指揮中心表示，因應國內發生「Omicron變異株」本土病例，社區感染風險提升，「衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組」(ACIP)決議，滿「18歲」民眾（已接種兩劑疫苗，且間隔滿12周以上），應接種1劑「疫苗追加劑」，提升免疫保護力，以「mRNA
境外確診個案須符合：(1)發病日至登機日已逾2個月，且症狀已緩解、(2)距發病日已達10天，且取得2次呼吸道檢體檢驗SARS-CoV-2陰性證明(須間隔至少24小時採檢)，條件之一才能搭機抵達台灣，違者將處新臺幣1萬元以上15萬元以下罰鍰 [220]。
2020年2月26日 · 2020年12月1日，啟動「秋冬防疫專案」，強化「邊境檢疫」、「社區防疫」及「醫療應變」措施。 邊境檢疫：所有入境及轉機旅客登機前須附3日內COVID-19核酸檢驗報告；社區防疫：出入八大類場所應佩戴口罩，經勸導不聽者依法開罰；醫療應變：加強通報採檢，訂定獎勵指標 [82] [83] 。
2021年1月21日，中央疫情指揮中心針對境外移入後之本土疫情訂定公告《疫情警戒標準及因應事項》，將疫情警戒狀態分為分為第一、二、三、四級，數字愈高管制措施愈嚴格 [15] 。 5月，由於爆發 萬華茶藝館衍生感染事件 以致陸續提升疫情警戒（已知相關案例之發病日至遲可溯及4月23日 [16] [17] ）。 5月11日，出現7例本土染疫個案，中央疫情指揮中心宣布將疫情警戒由第一級「出現境外移入導致之零星社區感染病例」立即提升至第二級「出現感染源不明之本土病例」，並實施相關限制措施 [18] 。 5月15日，新增180例本土個案（主要集中在臺北市萬華區 [19] ），指揮中心宣布臺北市、新北市提升疫情警戒至第三級。
