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目前中國等國家使用的禽流感疫苗是死毒疫苗，連一洋說，死毒疫苗存在病毒全組基因，為病毒基因重組變異提供很大的機會，但目前動物疫苗的製作技術已提升很多，動物用載體疫苗已相當商業化，例如，雞隻有一種傳染性華氏囊炎（IBD），其疫苗就是載體疫苗，以馬立克病的疱疹病毒當載體，把可使雞隻產生保護性免疫反應的抗原帶入，即可使雞隻獲得對抗IBD的保護力，這支疫苗已商業化生產，廣泛用於養雞場。 連一洋表示，如果要打禽流感疫苗，現有的死毒疫苗造成病毒基因重組的風險較高，確實有疑慮，且效果似乎有限，因為中國、越南等有打疫苗的國家，還是照樣有禽流感疫情，目前，禽流感的載體疫苗尚未商業化上市，但載體疫苗在動物用疫苗市場已是成熟的技術及商品，研發禽流感的載體疫苗不是難事。
國際使用禽流感疫苗國家計有中國、越南、埃及、印尼、墨西哥等國，但施打疫苗國家均無法有效控制禽流感疫情，且仍有人類感染高病原性禽流感案例，具有公共衛生風險。 中興大學名譽教授謝快樂指出，禽流感強病毒株每年有變化，不是進口疫苗就可適用國內疫情，且禽流感疫苗只能用死毒疫苗，製作疫苗有效性劑量要達10的8次方，強毒株培養困難，製造疫苗難度高；使用疫苗或許可維持蛋雞生產，具有經濟效益，但蛋雞會排毒，雞場一周清一次雞糞，環境病毒累積跟沒使用疫苗雞場差不多，無法有效降低疫病感染風險。 臺大獸醫學院退休教授蔡向榮質疑國內雞場是否有足夠生產疫苗產能，符合疫苗生產的規格場不足，也無法生產疫苗。
2024年5月17日 · 農業部動植物防疫檢疫署指出，北美感染乳牛的H5N1與國內驗到H5N1屬不同基因型，國內H5N1案例只曾感染禽鳥，乳牛經檢驗全數禽流感陰性、無H5N1疫情，國產乳品安全無虞。 防檢署15日啟動彰化、雲林、嘉義、臺南、高雄及屏東等主要酪農縣市轄內各2場乳牛場採集鼻腔及乳汁檢體監控，經獸醫所檢驗，結果今（17）日出爐，均未檢出禽流感病毒核酸。 美國今年3月起於德州等9個州46間乳牛場接連爆發高病原性禽流感H5N1疫情；並在4月1日曾報告1例人類病例，屬輕症，僅有結膜炎症狀，且經流感抗病毒藥物治療已痊癒。 疾管署5月13日召開傳染病防治諮詢會流感防治組會議，邀集跨部會單位，針對國內新型A型流感防治工作進行盤點與討論。
陳吉仲表示，現在東南亞國家、中國等都有施打禽流感疫苗，先進國家不施打禽流感疫苗的原因，就是擔心禽流感病毒像H5N1會禽傳人，如果是為了降低禽流感對家禽產業的影響，先進國家也有在考慮是否施打疫苗，世界動物衛生組織（WOAH）也正在積極討論家禽施打禽流感疫苗的必要性，「我們也還在討論中，會視未來的技術而定，但目前是不會考慮施打疫苗的」。 陳吉仲說，疫苗雖可抑制禽流感，但也會導致禽傳人風險提高，這是臺灣沒有要施打禽流感疫苗的主要原因，「目前是不考慮，但未來的話，要看疫苗的有效性等整體情況」，是否施打禽流感疫苗，也不只考慮家禽產業，還要考慮公衛的部分。
防檢署指出，拒絕「施打禽流感疫苗」國家作為專案蛋品來源國的考量有二：一是禽流感疫苗無法有效控制疫情，反倒提高疾病風險，二是我國未使用禽流感疫苗。 防檢署說明，禽流感防疫專家小組討論結果指出，使用禽流感疫苗雖然可以降低雞隻死亡、症狀及排毒，但無法避免雞隻感染禽流感，部分雞隻會有病毒存在卻無臨床症狀，反而增加其他禽種感染發病風險。 此外，雞隻施打疫苗的情形下，也容易產生禽流感病毒變異，而增加感染哺乳動物及人的機會。 防檢署表示，目前例行使用禽流感疫苗的國家，均無法有效控制禽流感疫情，因此輸入的產品風險也提高，考量我國未使用禽流感疫苗，依據世界貿易組織國民待遇原則之精神，所以我國選擇未施打禽流感疫苗的國家，作為專案蛋品的來源國，以保護禽畜生產安全並兼顧民生需求。
twitter. 文、攝影／林慧貞. 自20 世紀末期，禽流感在各國大舉爆發，不僅出現禽傳人、人傳人病例， 更重創全球家禽產業，演變至今，各國終於接受，禽流感已非偶發事件，當務之急是學著如何與病原和平共處。 其中，全球雞肉最大出口國巴西，至今從未有過家禽感染禽流感的案例，關鍵在於政府和企業從上到下都嚴格要求生物安全，除了基本的硬體建設，落實建立隔離帶，人員動線管理、消毒，以及政府未雨綢繆的野鳥監測計畫，都是巴西能維持完美非疫區紀錄的重要原因。 泰國同樣也靠著落實生物安全體系，在 2004 年禽流感重創中浴火重生，政府按照不同飼養規模、型態，分別為企業化大廠和家庭式養禽場制定操作準則，並透過綿密的監測網絡，成功恢復外銷能量。
巴斯德的第一件作品是家禽霍亂（fowl cholera）疫苗。 他發現雞隻接觸弱化的細菌後，會對疾病有抵抗性。 隨後於1885年，開發狂犬病（rabies）疫苗，並於1887年創立了巴斯德研究所（Institut Pasteur），成功從動物醫學過渡到人類醫學領域。 不僅衛生學家對巴斯德深信不疑，「巴斯德」一詞在法國人的文化中，已代表現代安全社會的象徵。 而臺灣動物用疫苗研究起因於早期牛瘟疫情，當時牛隻死亡慘重，有關單位於1904年在屏東各地實施牛瘟血清注射試驗，成果頗佳。 1905年於阿猴廳（今為屏東）設立牛瘟血清作業所，是臺灣動物用生物藥品研發、製造機構的開始。
