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2000年7月12日，《天然災害停止辦公及上課作業辦法》訂定發布。明定了天然災害停班停課的標準、作業處理方式、停班停課與否權責機關，就各單位法規整合成統一作業辦法。當臺澎金馬地區的縣市發生天然災害時，可提供民眾上網查詢停班停課情形。
2020年3月15日，案59所屬的班級全班停課，為臺灣第一起達到停課標準的個案 [17]。 2020年3月16日，行政院採納中央流行疫情指揮中心建議，至本學期上課日結束為止，高中職以下的教職員工、學生禁止出國 [18]。
招聯會針對受疫情影響無法參與甄試考生，一般校系取消面試筆試實作佔分均分到學測、書審，達錄取標準者以外加名額錄取。 醫牙校系需經過當地衛生主管機關同意後，搭專車到防疫隔離試場由學校接手安排應試 [16] 。 2020年3月15日，案59所屬的班級全班停課，為臺灣第一起達到停課標準的個案 [17] 。 2020年3月16日， 行政院 採納中央流行疫情指揮中心建議，至本學期上課日結束為止，高中職以下的教職員工、學生禁止出國 [18] 。 2020年3月17日，教育部宣布全國高中以下師生禁止出境，違者將處 新台幣 10至100萬的罰款，並將公布其姓名 [19] 。 2020年3月19日，案59和案103所屬班級與學校已有2人確診，根據防疫停課標準，該校自3月20日至27日進行全校停課。
2021年7月8日 · 1月29日，臺灣相隔263天再度出現死亡個案。 2月1日，因應春節連假，各項防疫措施升級。 高鐵、臺鐵（觀光列車除外）、公路客運、船舶（固定餐飲區域除外）、航空器（國際及兩岸航班除外）等運具內、或郵局營業區域，禁止飲食，正式實施 [13] 。 2月3日，中央流行疫情指揮中心宣布，考量國際疫情持續嚴峻，為確保開學前校園環境衛生安全、完備防疫作業與環境清潔消毒，高中職以下各級學校延後到2月22日開學，7月2日為最後上課日及休業式； 大專校院 、 樂齡 及 社大 等機構2月22日以後開學。 2月18日至21日延後開學期間，照顧12歲以下學童或國高中、五專前3年持有身心障礙證明的子女，家長1人可請防疫照顧假。
2021年5月17日，臺北市市長 柯文哲、新北市市長 侯友宜召開會議討論取得共識後，於當日早上決議雙北高中職以下學校、補習班及安親班自18日至28日全部停課 [22]。 全國 2021年5月18日下午，中華民國教育部宣布，5月19日起至5月28日全國各級學校停止到校
衛生福利部疾病管制署 （下稱疾管署）副署長 羅一鈞 看到此資訊後於同日上午寄 電子郵件 向中國大陸疾控中心查證 [10] ，同時發電子郵件至 世界衛生組織 「國際衛生條例」（IHR）聯繫窗口 [11] ，郵件中特別提及「非典型肺炎」、「病患已進行隔離治療」等字樣，強烈暗示具人傳人之可能性 [12] 。 同日傍晚6點，疾管署臨時召開記者會說明武漢市的疫情，也馬上開始針對自武漢直航入境之班機進行登機檢疫 [10] [13] [14] 。 陸委會 提醒前往中國大陸的民眾做好自我的防疫措施 [15] 。 2020年1月2日，疾管署召開「衛生福利部傳染病防治諮詢會-流感防治組農曆春節流感因應整備會議」，就武漢地區肺炎疫情進行討論。
5月17日宣布停班停課爭議 [編輯] 新竹縣 鳳岡國中及 明新科技大學 17日上午即因雨勢過大分別宣布停課 [8] [9] 。 而新竹縣 新豐鄉 及 桃園市 新屋區 大坡國小、笨港國小分別於下午宣布受大雨影響停課 [10] [11] 。
